منوچهر مرتضوی در۱۳۰۸ش در محلۀ ششگلان تبریز دیده به جهان گشود. پس از گذراندن تحصیلات ابتدایی و در پی تصرف تبریز توسط قوای اشغالگر روس همراه خانواده به تهران مهاجرت کرد. در ۱۳۲۶ش دیپلم ادبی خود را از دبیرستان فیروزبهرام اخذ کرد و در همان سال وارد دانشگاه تهران شد. در ۱۳۳۰ش پس از دفاع از پایان‌نامۀ خود با موضوع «تاریخ نقد الشّعر در ادبیات فارسی» به اخذ مدرک لیسانس نائل آمد. مرتضوی موفق به کسب مدال درجۀ اول فرهنگ به دلیل احراز رتبۀ نخست بین فارغ‌التحصیلان رشتۀ ادبیات فارسی دانشگاه تهران شد و همکاری خود را در تدوین لغتنامۀ دهخدا آغاز کرد. در ۱۳۳۱ش به استخدام دانشگاه تبریز درآمد. در پی آن به پیشنهاد ادارۀ کل تعلیمات عالیه و روابط فرهنگی، معلم فنون ادبی و سخن‌سنجی دانشکدۀ ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تبریز شد و همزمان در دانشگاه و دانشسرای عالی تبریز به تدریس پرداخت.

او علاوه بر تصدی کرسی فنون ادب فارسی در شورای دانشکدۀ دانشگاه تبریز، دبیری انجمن توسعۀ فرهنگ و ترویج زبان فارسی در آذربایجان را نیز بر عهده داشت. همچنین علاوه بر عضویت در انجمن تألیف و ترجمۀ دانشگاه، ریاست نشریۀ دانشکدۀ ادبیات دانشگاه تبریز نیز به عهده او بود.

در این سالها علاوه بر انتشار مجموعه شعر چراغ نیم‌مرده، به تدوین و انتشار چندین رساله از جمله رسالۀ جام جم یا تحقیق در دیوان حافظ نیز پرداخت.

در ۱۳۳۷ش از رسالۀ دکتری خود با موضوع «بررسی اوضاع ادبی و علمی آذربایجان در عهد ایلخانان مغول» با راهنمایی استاد بدیع‌الزمان فروزانفر و مشاورت استاد ابراهیم پورداود و استاد محمدتقی مدرس رضوی با کسب بالاترین درجه دفاع کرد و در پی احراز رتبۀ اول در مقطع دکتری به دریافت نشان درجۀ اول فرهنگ نائل آمد.

پس از گذراندن آزمون دانشیاری در دانشگاه تهران به مرتبۀ دانشیاری ارتقا یافت و جهت تکمیل مطالعات و بازدید از مراکز شرق‌شناسی به کشورهای آلمان و فرانسه سفر کرد. در این سفرها با استادانی چون لویی ماسینیون، رئیس مؤسسۀ تحقیقات ایرانی دانشگاه پاریس، بازیل نیکیتین و شارل ویرولو، رئیس انجمن آسیایی پاریس و مدیر مدرسۀ تتبعات عالیۀ فرانسه، آشنا شد و به عضویت انجمن آسیایی پاریس درآمد.

در ۱۳۳۹ش به ایران بازگشت و ادارۀ امور نشریۀ دانشکدۀ ادبیات و علوم انسانی را از سر گرفت و در ۱۳۴۳ش با ابلاغ وزیر فرهنگ به درجۀ استادی زبان و ادبیات فارسی ارتقا یافت. او معاون دانشکدۀ ادبیات، مدیر گروه آموزشی زبان‌شناسی و زبانهای باستانی ایران، مدیر مؤسسۀ تحقیقاتی تاریخ و فرهنگ ایران و رئیس دانشکدۀ ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تبریز بود.

در دهۀ پنجاه، معاونت آموزش و پرورش دانشگاه، مشاورت رئیس دانشگاه تبریز و ریاست دانشگاه آذرآبادگان را بر عهده داشت و عضو وابستۀ فرهنگستان ادب و هنر ایران بود.

در ۱۳۵۷ش در پی کشتار دانشجویان از ریاست دانشگاه استعفا داد اما در ۱۳۶۲ش به موجب درخواست دانشکدۀ ادبیات مجدداً در دانشگاه تبریز مشغول به کار شد. در این سالها کتاب مسائل عصر ایلخانیان و زبان دیرین آذربایجان را به چاپ رسانید. آخرین خدمتی که چندی عهده‌دار شد سمت تولیت منصوص موقوفات محمود افشار بود که بنا به پیشنهاد مرحوم دکتر یحیی مهدوی این خدمت را پذیرفت. گوشه‌نشینی و انزوای منوچهر مرتضوی از صدور حکم بازنشستگی وی در ۱۳۶۳ش آغاز شد و تا آخرین روزهای حیات وی در ۱۳۸۹ش ادامه داشت.

از او آثار ارزشمندی در زمینه‌های حافظ‌شناسی، فردوسی و شاهنامه، زبان دیرین آذربایجان و مولانا به جای مانده است. از آثار وی می‌توان اشاره کرد: فردوسی و شاهنامه؛ زبان دیرین آذربایجان؛ مسائل عصر ایلخانان؛ جهان‌بینی و حکمت مولانا؛ چراغ نیم‌مرده و مکتب حافظ یا مقدمه بر حافظ‌شناسی.

ــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ

ایرج مرتضوی، فرزند استاد منوچهر مرتضوی، پس از مشورت با استاد ایرج افشار و بازدید از مجموعه‌های اهدایی مرکز دائرة‌المعارف بزرگ اسلامی تصمیم خود را برای اهدای مجموعۀ گرانقدر پدر بزرگوارشان به این مرکز ابراز نمود.

پس از مکاتبات انجام‌شده فی‌مابین ایرج افشار و ایرج مرتضوی با کاظم موسوی بجنوردی، ریاست مرکز، مقدمات این کار فراهم گردید. در پی آن، ایرج مرتضوی کتابخانۀ پدر را به همراه ۱۳ عنوان اشیاء و تابلو مطابق لیست موجود در پرونده در ۱۳۸۹ش به مرکز واگذار کرد.

این گنجینه در سالن مجموعه‌های اهدایی به نام استاد و به صورت جداگانه نگهداری می‌شود. کتابخانۀ ارزشمند دکتر مرتضوی حاوی ۴۲۰۶ جلد کتاب چاپی و خطی و ۱۹۱ عنوان مجله و شماری پایان‌نامه است. از ویژگیهای این مجموعه کتابهای ارزشمند آن در حوزه‌های تاریخ ایران و اسلام، ادبیات و عرفان است. برخی مجلات از قبیل دورۀ مجلۀ سخن، کتاب هفته، خواندنیها، آینده، بخارا و مجلۀ دانشکدۀ ادبیات دانشگاه فردوسی مشهد و دانشگاه تبریز نیز در این مجموعه دیده می‌شود.

اجمالاً در میان کتابهای استاد، دستخط بزرگانی همچون بدیع‌الزمان فروزانفر، حسینعلی هروی، رضا براهنی، توفیق سبحانی، غلامحسین بیگدلی، علی دشتی، اکبر دانا سرشت و محمدابراهیم باستانی پاریزی و ... به چشم می‌خورد. در این مجموعه برخی فهرستهای نسخه‌های خطی مشهور از جمله فهرست نسخه‌های خطی کتابخانۀ ملی پاریس موجود است.

مرکز دائرة‌المعارف بزرگ اسلامی، به جای مجلس بزرگداشت برای آن استاد گرانمایه، به توصیۀ استاد ایرج افشار مجموعه مقالاتی با نام ارمغان منوچهر مرتضوی (به کوشش توفیق هاشم‌پور سبحانی) تهیه و منتشر کرد.