میرزا حبیب‌الله رشتی در ۱۱۹۷ش در املش دیده به جهان گشود. پدرش میرزا محمدعلی‌خان فرزند جهانگیرخان قوچانی گیلانی، از فقهای صاحب‌نام، بود.

میرزا حبیب‌الله پس از طی مقدمات در دوازده سالگی برای تحصیل به لنگرود و سپس به رشت رفت. برای تکمیل درس به حوزۀ علمیه قزوین رهسپار شد و در درس فقه و اصول شیخ عبدالکریم ایروانی حضور یافت و در ۲۵ سالگی به اجتهاد دست یافت. در مراجعت به زادگاهش برای چهار سال مرجع امور دینی مردم املش شد. سپس به نجف رفت و از محضر محمدحسن نجفی بهره برد. بعد از درگذشت صاحب جواهر، به محفل درس شیخ مرتضی انصاری وارد شد. او با اینکه سرآمد شاگردان شیخ انصاری بود هیچ‌گاه به دنبال مرجعیت نبود و در مقابل اصرار شاگردان برای قبول مرجعیت آنان را به میرزای شیرازی ارجاع می‌داد.

از شاگردان او که بعدها زعامت مذهب تشیع را بر عهده داشتند می‌توان به سید محمدکاظم یزدی، آقا ضیاءالدین عراقی، میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی، میرزا حبیب‎الله خویی و شیخ فضل‎الله نوری اشاره کرد. مهم‌ترین کتاب او بدایع ‎الافکار است. حاشیه بر نجاة العباد؛ کاشف الظلام فی حل معضلات ‎الکلام و الامامه از دیگر آثار اوست.

او در ۱۲۷۳ش در نجف از دنیا رفت و در یکی از حجره‌های صحن حرم امام علی(ع) دفن شد.