سید بابک فرزانه پس از پایان تحصیلات دبیرستانی در شهرستان شاهرود به دانشگاه اصفهان رفت و از آن دانشگاه کارشناسی زبان و ادبیات عربی دریافت کرد. تحصیلات خود را ادامه داد و در اسفند 1372 به مدرک دکتری در رشتۀ زبان و ادبیات عربی دست یافت.
از 1373ش کار حرفهای خود را آغاز کرد و در دانشگاههای تهران، الزهرا و آزاد اسلامی به تدریس پرداخت. در اواسط دوران کار حرفهای دانشیار و در 1388ش به مرتبۀ استادی نائل شد. در ژانویۀ 2011م به عنوان همکار پژوهشی به دانشگاه تورنتو رفت و در آنجا تحقیقات خود را در زمینۀ واژهشناسی قرآن پی گرفت. در کنار تدریس در دانشگاه همکاری خود را با مرکز دائرةالمعارف بزرگ اسلامی که از 1372ش آغاز شده بود ادامه داد و مقالات متعددی را برای این مرکز نگاشت.