دبا: آنچه در زیر می خوانید متن کامل زندگینامه ی آیت الله سید علی خامنه ای ، رهبر معظم انقلاب اسلامی است که توسط دکتر علی اکبر ولایتی نوشته شده و در جلد 21 دائرة المعارف بزرگ اسلامی به چاپ رسیده است.
دبا: آنچه در زیر می خوانید متن کامل زندگینامه ی آیت الله سید علی خامنه ای ، رهبر معظم انقلاب اسلامی است که توسط دکتر علی اکبر ولایتی نوشته شده و در جلد 21 دائرة المعارف بزرگ اسلامی به چاپ رسیده است.
خامِنه‌ای، آیت‌الله سید علی (ز 29 فروردین 1318/ 28 صفر 1358/ 19 آوریل 1939)، فرزند آیت‌الله سید جواد، و دومین رهبر انقلاب اسلامی ایران.
I. زندگی نامه
الف ـ خاندان
وی در خانواده‌ای روحانی در مشهد زاده شد. جد اعلای او سید محمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی میرساند. شجرۀ وی به سلطانالعلماء احمد، معروف به سلطان سید احمد میرسد که با 5 واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است. جدش سید حسین خامنه‌ای (ح 1259-20 ربیعالآخر 1325 ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد استادان بزرگی چون سید حسین كوهكمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شكی و میرزا محمدحسن شیرازی دانش آموخت و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزۀ علمیۀ نجف، در زمرۀ فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت. او در 1316 ق به تبریز آمد (آقابزرگ، 2/640) و مدرس مدرسۀ طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد ( گلشن ... ، 2/971). سید حسین دارای افكار بلند سیاسی و اجتماعی، و از علمای طرف‌دار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌كرد (آرشیو مركز اسناد ... ، شم 1225). برخی از آثار علمی وی ازجمله حاشیه بر كتابهای ریاض المسائل، قوانین الاصول، مكاسب شیخ انصاری، فوائد الاصول و شرح لمعه وقف كتابخانۀ حسینیۀ شوشتری نجف شد (آقابزرگ، همانجا). شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود (كسروی، 92). سید محمد خامنه‌ای (1293 ق، نجف ـ شعبان 1353، نجف) مشهور به پیغمبر (بهبودی، 12)، عموی آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود، و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرف‌دار مشروطه بهشمار می‌رفت (آقابزرگ، 6، مقدمه، 13).
پدر آیت‌الله خامنه‌ای سید جواد خامنه‌ای (20 جمادیالآخر 1313، نجف/ 16 آذر 1274-14 تیر 1365) از علما و مجتهدان عصر خود بود كه در نجف متولد شد و در كودكی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد. پس از اتمام دورۀ سطح، در حدود سال 1336 ق به مشهد مهاجرت كرد (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و در فقه و اصول از محضر بزرگانی چون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازادۀ خراسانی (كفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی، و در فلسفه از محضر آقابزرگ حكیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره‌مند گردید (شریف، 7/127- 129؛ زنگنه، 1/132). سپس در 1345 ق به نجف رفت و از حوزۀ درس میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی كسب فیض كرد و از 3 نفر یادشده اجازۀ اجتهاد گرفت (شریف، 7/127؛ آرشیو مركز اسناد، همانجا). او در پی تصمیم بازگشت به ایران، راهی مشهد شد و در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهده‌دار گردید (بهبودی، 15). او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود (زنگنه، 1/77). وی علاقۀ زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانۀ وی با همردیفان ازجمله حاج میرزا حسین عبایی، حاج سید علیاکبر خویی، حاج میرزا حبیب ملکی و ... دهها سال ادامه داشت. همچنین وی فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت (گلشن، همانجا). پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنكه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانۀ خود ادامه داد. به دلیل بهره‌مندی از كمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. او در 14 تیر 1365 درگذشت و در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاك سپرده شد (زنگنه، همانجا). امام خمینی در پیام تسلیتی به آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای را عالمی با تقوا و متعهد برشمرد (صحیفه ... ، 20/71).
بانو میردامادی (1293- 1368 ش)، مادر آیت‌الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آمر به معروف و ناهی از منکر، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود. او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی بسیار صبور و با فرزندان مبارزش، به‌ویژه آیت‌الله خامنه‌ای همگام بود (آرشیو مركز اسناد، شم 1226). آیت‌الله سید هاشم نجفآبادی (میردامادی) (1303-1380 ق)، جد مادری آیت‌الله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوند خراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمۀ جماعت مسجد گوهرشاد بود (آقابزرگ، 2/ 559) و در عین حال به امر به معروف و نهی از منكر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دورۀ رضا شاه، به سمنان تبعید شد (تاریخ علما ... ، 308؛ قاسمپور، 60). آیت‌الله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب میرساند (زنگنه، 1/ 458).
ب ـ شخصیت علمی و فرهنگی
1. تحصیل و تدریس: سید علی خامنه‌ای تحصیل را در چهارسالگی از مكتبخانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد. دورۀ دبستان را در نخستین مدرسۀ اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند (آرشیو مركز اسناد، شم 1225). در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان مشهد شروع کرد (بهبودی، 49). هم‌زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز نمود. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد كه وی پس از اتمام دورۀ دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسۀ سلیمان خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسۀ نواب رفت و دورۀ سطح را در آن به پایان برد. هم‌زمان با تحصیلات حوزوی دورۀ دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد (آرشیو مركز اسناد، شم 1226).
وی معالم الاصول را نزد آیت‌الله سید جلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مكاسب و كفایه را نیز نزد پدر و آیت‌الله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در 1334 ش، در درس خارج فقه آیت‌الله سید محمدهادی میلانی حاضر شد. وی در 1336 ش طی سفر كوتاهی همراه خانواده به نجف رفت و در دروس مدرسانِ بنام حوزۀ علمیۀ نجف، ازجمله آیات سید محسن حكیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت (آرشیو مركز اسناد، همانجا) و یك سال دیگر در درس آیت‌الله میلانی حاضر شد. سپس در 1337 ش به شوق ادامۀ تحصیل عازم حوزۀ علمیۀ قم گردید (بهبودی، 78). در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیت‌الله محمدهادی میلانی به وی اجازۀ روایت داده بود (آرشیو مرکز اسناد، شم 1232).
سید علی خامنه‌ای، در قم نزد بزرگانی چون آیات حاج آقا حسین بروجردی، امام خمینی، حاج شیخ مرتضى حائری یزدی، سید محمد محقق داماد و علامه طباطبایی علم آموخت (همان، شم 1227). در مدت اقامت در قم اكثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس میگذراند. آیت‌الله خامنه‌ای در 1343 ش به دلیل عارضۀ بینایی پدر و برای کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیت‌الله میلانی حضور یافت كه تا 1349 ش ادامه داشت. او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت. در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به‌ویژه دانشجویان حضور پیدا میکردند (همان، شم 1228). او در جلسات تفسیر خود، مهم‌ترین پایه‌های فكری اسلام و اندیشۀ اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان مینمود و به تعمیق بنیانهای اندیشۀ مبارزه و براندازی حکومت طاغوت میپرداخت به صورتی که شرکتکننده در درس تفسیر او به این نتیجۀ ضروری و طبیعی میرسید که حکومتی بر پایۀ اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد. یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود. از 1347 ش درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا 1356 ش و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت (خامنه‌ای، جم ). جلسات تفسیر در سالیانی از دورۀ ریاست جمهوری و پس از آن ادامه داشت. آیت‌الله خامنه‌ای از 1369 ش تدریس خارج فقه را آغاز كرد و تاكنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص و مكاسب محرمه پرداخته است. این درس هماكنون نیز ادامه دارد.
آیت‌الله خامنه‌ای دستی در ادبیات دارد و با سبکهای ادبی آشنا ست و نثر وی دارای سبک است و از دوران کودکی تاکنون به مطالعۀ رمان و داستان علاقه‌مند بوده، و بسیاری از رمانها و داستانهای معتبر دنیا را مطالعه کرده است. این علاقه با مطالعۀ رمانها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. او حتى به نقد کتابهای ادبی و شعر هم میپردازد. آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفكران زمانه در ارتباط بود. در ایامی كه در مشهد حضور داشت در برخی از انجمنهای ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل می‌شد، شركت می‌كرد (آرشیو مركز اسناد، شم 1227) و به نقد شعر میپرداخت. خود نیز اشعاری سروده و در سالهای اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعۀ کتب معتبر تاریخی بخش دیگری از برنامۀ مطالعاتی دائمی ایشان است، به‌طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند (تداوم ... ، 21).
2. آثار: آیت‌الله خامنه‌ای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز كرد و تقریرات دروس استادان خود را نگاشت (آرشیو مرکز اسناد، شم 1228) و به ترجمۀ چند اثر نیز همت گماشت. در دوران قبل از پیروزی انقلاب اسلامی، این کتابها را تألیف کرد: 1. چهار كتاب اصلی علم رجال، 2. طرح كلی اندیشۀ اسلامی در قرآن، 3. پیشوای صادق، 4. از ژرفای نماز، 5. صبر، 6. روح توحید نفی عبودیت غیرخدا، 7. گزارشی از سابقۀ تاریخی و اوضاع کنونی حوزۀ علمیۀ قم. در همان دوره این کتابها را نیز پس از افزودن تحقیقات خود به آنها، ترجمه و منتشر کرد: 1. آینده در قلمرو اسلام، نوشتۀ سید قطب؛ 2. صلح امام حسن: پرشكوهترین نرمش قهرمانانۀ تاریخ، نوشتۀ شیخ راضی آلیاسین؛ 3. تفسیر فی ظلال القرآن، نوشتۀ سید قطب؛ 4. مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشتۀ عبدالمنعم النمر؛ 5. ادعانامه علیه تمدن غرب.
افزون بر اینها، بسیاری از آراء و اندیشههای آیت‌اللٰه خامنه‌ای که در گفتارها و نوشتارهای ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه، و مصاحبه منعکس شده است، به صورت كتاب و نرم‌افزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده، و برخی از آنها نیز به زبانهای دیگر ترجمه شده است. همچنین، پایاننامهها، رسالهها، مقالات و کتابهای گوناگونی ناظر به افکار و اندیشههای ایشان تألیف و تدوین شده است؛ نیز بخشی از مجموعۀ بیانات و مکتوبات ایشان در دورۀ رهبری با عنوان حدیث ولایت منتشر گردیده است.
ج ـ حیات سیاسی و اجتماعی
پیشینۀ فعالیتهای سیـاسی ـ مذهبی خاندان آیت‌الله خامنه‌ای، در او زمینۀ تربیتی برای مبارزۀ سیاسی ـ مذهبی فراهم آورده بود. نقطۀ آغازین ورود به فعالیتهای سیاسی، دیدار او با سید مجتبى نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقههای انقلابی را در وی پدید آورد (آرشیو مركز اسناد، شم 1226). نخستین دیدار وی با امام خمینی در 1336 ش صورت گرفت، اما چهرۀ سیاسی امام خمینی برای اولین‌بار در جریان لایحۀ انجمنهای ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد (همان، شم 1228).
آیت‌الله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در 1341 ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد و جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دورۀ قبل از قیام 15 خرداد 1342 آغاز کرد (همان، شم 119). در بهمن 1341، پس از همهپرسی لایحۀ انجمنهای ایالتی و ولایتی، آیت‌الله خامنه‌ای و برادرش سید محمد مأمور رساندن گزارش آیت‌الله محمدهادی میلانی به امام خمینی در قالب نامه در مورد واكنش مردم مشهد به این همهپرسی شدند (جلالی، 148). در 1342 ش و در آستانۀ ماه محرم، امام خمینی وی را مأمور ساخت پیامهایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیئتهای مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاهسازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد (آرشیو مركز اسناد، شم 1229، 1231). امام خمینی در این پیامها خطمشی مبارزه را ترسیم كرده، و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعۀ مدرسۀ فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود (باقری، 12-13). آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خطمشی امام خمینی راهی بیرجند ــ كه تحت نفوذ خاندان علم بود ــ شد و در منابر و مجالس آن شهر دربارۀ حادثۀ مدرسۀ فیضیه و سلطۀ اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی كرد (بهبودی، 129-134). به دنبال این سخنرانیها، وی در 12 خرداد 1342 ش/7 محرم 1383 ق دستگیر، و در مشهد زندانی شد (آرشیو مركز اسنـاد، شم 614، 1231، 1332). پـس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن كرد (همان، شم 1233). آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی كه در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی ــ كه در حصر به سر می‌برد ــ تشكیل می‌شد، فعالیتهای سیاسیاش را تداوم بخشید (جلالی، 205). اندكی پس از آن به حوزۀ علمیۀ قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی از روحانیون مبارز به سازمان‌دهی مجدد فعالیتهای سیاسی از طریق برگزاری جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت (بهبودی، 156-157). او ازجمله روحانیونی بود كه در 11 دی 1342 تلگرامی به آیت‌الله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، كه در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد (یاران امام ... ، طالقانی، 1/ 468). در همان زمان طلاب خراسانی حوزۀ علمیۀ قم با هدایت او، در اعتراض به ادامۀ حصر امام خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر كردند که از جملۀ آنها خود وی و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند ( امام ... ، 4/392). آیت‌الله خامنه‌ای در بهمن 1342، مقارن با رمضان 1380 برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد (بهبودی، 162-166). سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که او را دستگیر و به زندان قزل‌قلعه ــ كه در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود ــ منتقل نماید (آرشیو مرکز اسناد، 1234). در 14 اسفند 1342 قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزۀ قضایی تهران تبدیل، و وی از زندان آزاد شد (بهبودی، 187). از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیتهای وی همواره تحت كنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
آیت‌الله خامنه‌ای در پاییز 1343 ش از قم به مشهد بازگشت و در كنار مراقبت از پدر به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداخت (همو، 192-195). او در زمرۀ روحانیونی بود كه اندكی پس از تبعید امام خمینی به تركیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت ــ دولت امیرعباس هویدا ــ در 29 بهمن 1343 به اوضاع نابسامان كشور و تبعید امام خمینی اعتراض كردند ( اسناد انقلاب ... ، 3/ 128-130). وی به همراه كسانی چون عبدالرحیم ربانی شیرازی، محمد حسینی بهشتی، علی فیض مشكینی، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اكبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی (هاشمی، دوران ... ، 2/1566)، اعضای «گروه یازده نفر» بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزۀ علمیۀ قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت. مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن می‌شد و روحانیون نیز به منزلۀ بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که با نبود تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به‌عنوان اولین تشكیلات سرّی حوزۀ علمیۀ قم یاد می‌شود. فعالیت این گروه در اواخر سال 1345 ش توسط ساواك كشف شد و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند (یاران امام، قدوسی، 86-87؛ همان، ربانی، 60- 69). آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار كتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام كرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده، و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش میرود، آمده است ( آینده در ... ، سراسر اثر). ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد، اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم كتاب) نشد (بهبودی، 235- 238). آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و كرج به فعالیت مشغول بود، اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در كرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت. در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین 1346 كه به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض كند (یاران امام، میلانی، 3/5-7). این اقدام وی سبب شد مأموران ساواك از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در 14 فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازۀ آیت‌الله شیخ مجتبى قزوینی، وی را دستگیر كنند (آرشیو مركز اسناد، شم 614). او در 26 تیر همان سال آزاد شد (همان، شم 574). اندكی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت (بازرگان، 422-423).
آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزان در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به آنان و مبارزه، تربیت نسلهای جدید مبارزان و انقلابیون براساس اندیشۀ اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشههای مادی‌گرایانۀ مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشۀ اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و به‌رغم مقابلۀ رژیم پهلوی به موفقیتهای زیادی دست یافت. نگاه چند بُعدی به مبارزه، استفاده از شبکۀ عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام خمینی و رسانۀ فراگیر منبر و عملگراییاش، از برخی علل موفقیت وی بوده است.
در پی وقوع زمینلرزۀ ویرانگر جنوب خراسان در 9 شهریور 1347 عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی كمكهای مردمی به زلزلهزدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد، اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمکرسانی به زلزلهزدگان انجام داد. حضور و کمکرسانی دو ماهۀ آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزلهزده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین كند. این فعالیتها حساسیت شهربانی و ساواك خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد (آرشیو مركز اسناد، شم 614). او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام كرد، اما با مخالفت و ممانعت ساواك روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوعالخروج بود (بهبودی، 304).
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در «گروه یازده نفر» به 6 ماه زندان محكوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامۀ كیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید‌نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری کرد (یاران امام، هاشمی‌نژاد، 248- 249). او با آنكه تحت پیگرد بود، با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌كنی، مرتضى مطهری، اكبر هاشمی رفسنجانی و فضل‌الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به‌رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت (یاران امام، سعیدی، 248؛ همان، طالقانی، 2/497؛ همان، مهدوی، 14؛ همان، محلاتی، 1/521 ؛ همان، باهنر، 355). او با تشكیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون دربارۀ اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام می‌كرد (همان، سعیدی، 363؛ همان، مهدوی، 114).
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه اعتقادی به نهضت اسلامی و پرورش فكری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای قشرهای مختلف مردم می‌كوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود که تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. در آن دوران جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. او این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در 1348 ش برگزار کرد (بهبودی، 326-327).
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفكران و كانونهای روشنفكری مشهور در عرصۀ مبارزه نیز ارتباط و همكاری داشت. وی در 1348 ش به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراكز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران ازجمله حسینیۀ ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد (همو، 331-332، 470-471). سخنرانیهای وی در حسینیۀ ارشاد كه در اواخر سال 1348 ش و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضى مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به‌ویژه دانشجویان و دانشآموزان داشت (جودكی، 23؛ یاران امام، هاشمی‌نژاد، 306-307). آیت‌الله خامنه‌ای در بهار 1349 ش در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بنمایههای اعتقادی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله‌جلساتی را پایهگذاری کرد که در آن ایدۀ مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضى مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اكبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و كاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید (فارسی، 215).
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حكیم در خرداد 1349 بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامیداشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حكیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحكیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در 20 خرداد 1349 توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین مرجعیت امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واكنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیتِ پدیدآمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریانسازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیههایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام كردند (آرشیو مركز اسناد، شم 130، 183؛ یاران امام، سعیدی، 1/32). به دنبال آن و با گسترش دامنۀ اعتراضات و مبارزات (همان، میلانی، 3/423-424) ساواک مشهد در 2 مهر 1349 وی را دستگیر، و مدتی در زندان لشکر خراسان ــ تنها زندان امنیتی مشهد ــ بازداشت کرد (تقویم ... ، 225). در محرم 1391/ اسفند 1349 با آنكه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوعالمنبر ساواك قرار گرفته بود، وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد كرد (یاران امام، محلاتی، 2/73). آیت‌الله خامنه‌ای در 1350 ش به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانیهایی در مسجد هدایت تهران، كه كانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد (یاران امام، باهنر، 520-521؛ هاشمی، دوران، 2/1134-1135). در پی تحریم جشنهای 500‘2ساله از سوی امام خمینی (صحیفه، 2/ 358-373)، ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد 1350 به ساواك مشهد احضار، و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد (آرشیو مركز اسناد، 123، 614). او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان كه به بازداشت كوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در 21 آذر كه به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به 3 ماه حبس محكوم گردید (آرشیو مركز اسناد، شم 614). وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمك تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد كرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسۀ میرزا جعفر و مسجد امام حسن و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانشآموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروههایی از قشرهای مختلف مردم بودند كه وی آنان را با تفكر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا میساخت. عدۀ زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهیبخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعكس شده است. از نظر ساواك، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفكر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی میشدند كه ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشههای مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند ( استاد ... ، 218؛ یاران امام، میلانی، 3/590).
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین 1352 برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، كه هفتهای یك بار در روزهای سهشنبه برگزار می‌شد، دایر كرد (آرشیو مركز اسناد، شم 572، 614). در خرداد 1352 ساواك جلسات تفسیر وی در مسجد امام حسن و منزلش را تعطیل کرد (همان، شم 572، 573، 614). آیت‌الله خامنه‌ای در آذر 1352 محل اقامۀ نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به كانون فعالیت دانشجویـان و طلاب جوان تبدیل كرد (همان، شم 614). ساواك مشهد در واكنش به فعالیتهای سیاسی گستردۀ او، او را از اقامۀ نماز جماعت در آن مسجد باز داشت (یاران امام، مطهری، 455؛ آرشیو مركز اسناد، شم 573). در آبان 1353 به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، كه در آن ایام ممنوعالمنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواك به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یكی از كانونهای مهم مبارزه اقدام کرد (نیكبخت، 408). به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواك قرار گرفت. ساواك علت بازرسی را اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی دربارۀ ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود (آرشیو مركز اسناد، شم 573). در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی 1353 برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان كمیتۀ مشترك ضدخرابكاری در تهران منتقل گردید (همان، شم 572، 574، 614) و به گفتۀ خود، دشوارترین و سختترین وضعیت حبس خود را تجربه كرد. او در حبس، اجازۀ ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود (همان، شم 575). او در 2 شهریور 1354 از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامۀ نماز جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتى در منزلش ممنوع شده بود (همان، شم 304، 389، 575). اما او به‌رغم همۀ محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانۀ انقلابی خود را به صورت مخفیانه پی گرفت و پرداخت شهریۀ امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد (همان، شم 572، 576). در اواخر سال 1354 ش مخفیانه كتاب طرح كلی اندیشۀ اسلامی در قرآن را با نام مستعار سید علی حسینی منتشر کرد. او در خرداد 1355، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشكیل داد كه از مشهد برای كمكرسانی به مردم سیلزده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسۀ عوضیۀ آن شهر به امدادرسانی پرداختند (همان، شم 389).
در اسناد ساواك گزارشهایی دربارۀ فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال 1355 ش در مشهد وجود دارد كه به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداختهاند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم 1396/ دی 1355 سخنرانیهایی بر ضد رژیم ایراد كرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه دربارۀ تبیین فضای فكری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان ( گفت‌وگوی چهارجانبه، سراسر اثر) و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید (یاران امام، مفتح، 340؛ استاد، 277). از سوی دیگر، ساواك هم می‌كوشید برای به دست آوردن مستنداتی بر ضد او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند (آرشیو مركز اسناد، شم 583). به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در 29 خرداد 1356 آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور یافت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینهاش با شریعتی و پدرش بود (آرشیو مركز اسناد، شم 389، 572).
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفى خمینی در اول آبان 1356 در نجف، آیت‌الله خامنه‌ای و برخی از مبارزان مراسم ختمی در 6 آبان در مسجد ملاهاشم برپا كردند (همانجا). در همان ایام نیز همراه با عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره نمودند ( امام، 6/52). با درگذشت آیت‌الله سید مصطفى خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحلۀ نهایی خود شد و حركتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید. رژیم پهلوی هم در واكنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سركوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر كرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محكوم شدند كه آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمرۀ آنان بود. او از سوی كمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به 3 سال تبعید در ایرانشهر محكوم گردید (آرشیو مركز اسناد، شم 576) و مأموران ساواك در 23 آذر 1356 به منزلش یورش برده و او را دستگیر کردند و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری بر ضد حكومت بود ( انقلاب ... ، 1/263؛ یاران امام، مطهری، 575). اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط كشور رساند ( انقلاب، 2/326، 10/51). سخنرانیهای او در مسجد آلرسول ایرانشهر و رفت‌وآمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و قشرهای مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت‌وآمد مردم ممانعت به‌عمل آورند (آرشیو مركز اسناد، شم 576؛ اسناد نهضت ... ، 9/234-235).
او در 19 فروردین 1357 در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانۀ رژیم پهلوی را محكوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامۀ مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت (یاران امام، صدوقی، 128-131). این نامه به صورت اعلامیه در سراسر كشور پخش گردید (آرشیو مركز اسناد، شم 576).
وقوع سیل در ایرانشهر در 11 تیر 1357 موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگیهایی كه با روحانیون شهرهای مختلف ازجمله یزد و مشهد داشت، توانست كمكهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب، و در بین سیلزدهها تقسیم كند (همانجا).
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ كرد و پیوسته مكاتباتی دربارۀ نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار میگرفت و با نامهنگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیمگیریهای جمعی علما مشاركت می‌كرد.
با اوجگیری انقلاب اسلامی در آستانۀ ماه رمضان (در 28 شعبان 1398 ق/ 28 تیر 1357 ش)، شماری از طلاب حوزۀ علمیۀ مشهد به ادامۀ تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض کردند و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند كه به دخالت مأموران انتظامی انجامید (همانجا). گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهتدهی و سامان‌دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یك سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان قشرهای مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت كه در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده‌تر و دارای محدودیتهای بیشتری بود، تغییر دهند. ازاین‌رو، وی در 22 مرداد به جیرفت انتقال یافت (همان، شم 102). مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری بر ضد حكومت پهلوی پرداخت. یكی از سخنرانیها، كه در 15 شهریور 1357 صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد (همان، شم 111). این اتفاق زمانی روی داد كه هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای كوچك معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدیای بود كه در نامه‌ای به آیت‌الله سید عبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث كشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهكارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حكومت پهلوی ارائه کردند ( اسناد انقلاب، 3/ 348-357). وی در این دوره مخفیانه عازم كهنوج شد و سخنرانیهای افشاگرانهای ایراد كرد (آرشیو مؤسسه ... ، شم 1889).
با گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی اركان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر 1357 از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیتهای خود را در امر سامان‌دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد (آرشیو مركز اسناد، شم 576). در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و ارادۀ راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان كرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامۀ مبارزه صادر كنند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند ( اسناد انقلاب، 3/402؛ آرشیو مركز اسناد، شم 209).
فعالیتهای مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندكی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حركتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانهای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد كرد ( انقلاب، 14/192، 472). در عین حال، با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود كه سید احمد خمینی در 10 آبان 1357 از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام كرد ( امام، 7/603؛ یاران امام، صدوقی، 431). آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود كه با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشكیل حكومت اسلامی شد (آرشیو مركز اسناد، شم 389، 572). او در آخرین روزهای آبان همراه با سید عبدالكریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواك از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یكی از پرچمداران برجستۀ انقلاب در خراسان نام برده شده است (همان، شم 389).
وی در 19 و 20 آذر 1357 هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد ایراد كرد و خطبۀ شب عاشورا را در حرم مطهر امام رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حكومت پهلوی را كه تا پیش از آن، مراسم مذكور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌كرد، در هم شكست (همان، شم 572؛ آرشیو مؤسسه، شم 1921). همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان‌دهی كرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت (روزشمار ... ،
8/ 339، 352). وی در شمار روحانیونی بود كه در 24 آذر در اعتراض به حملۀ مأموران رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضای كنونی) برنامۀ تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد ( انقلاب، 20/33). در مسیر حركت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند (شمس‌آبادی، 315-316). متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حكومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند ( اسناد انقلاب، 3/492-493) و بر سرنگونی حكومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأكید كردند. این اقدام آنان بازتاب گسترده‌ای یافت و اعلامیههای متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد ( انقلاب، 21/ 188، 123-124).
آیت‌الله خامنه‌ای در 9 دی 1357 به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن كاركنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حركت كردند. اما به‌رغم تلاشهای مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهركننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراكز دولتی را به آتش كشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشكیل جلسه‌ای كوشیدند مانع درگیری و كشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهركننده فاجعۀ یكشنبۀ خونین 10 دی 1357 را به بار آوردند (شمس‌آبادی، 325- 328). به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محكومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر كردند (روزشمار، 10/216-217).
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حكومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در 22 دی 1357 فرمان تشكیل شورای انقلاب اسلامی را صادر كردند (صحیفه، 5/426- 428). آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بود، با نقش محوری كه در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک کرد و در اواخر دی 1357 به تهران آمد و در مدرسۀ رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارك مرحلۀ نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت ( او به تنهایی ... ،63؛ حدیث ... ، 2/40). پس از تشكیل كمیتۀ استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی (قاسمپور، 92-94) مسئولیت كمیتۀ تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
به دنبال بسته شدن فرودگاههای كشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان‌دهی كردند كه با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت (هاشمی، انقلاب و ... ، 161-162؛ اطلاعات، شم 5771، 9/11/1357). شب قبل از آغاز تحصن، آیت‌الله بهشتی در بهشتزهرا سخنرانی كرد و آیت‌الله خامنه‌ای قطعنامهای را كه خود تهیه كرده بود، برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیت‌الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشكیل ستادی با مشاركت برخی از مبارزان متحصن به اقداماتی دست زدند كه عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» بود (مصاحبه‌ها ... (1362-1363)، 182-183). متحصنان در روز 8 بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأكید كردند تا باز شدن فرودگاهها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد ( اسناد انقلاب، 4/714). این تحصن كه تا صبح روز 12 بهمن ادامه یافت (پا به پای ... ، 2/195)، مسجد دانشگاه تهران را به كانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل كرد.
در لحظۀ تاریخی ورود امام خمینی به میهن در 12 بهمن 1357 آیت‌الله خامنه‌ای، كه در اشتیاق دیدار امام لحظهشماری می‌كرد، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهۀ فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در كنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت كمیتۀ تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حكومت اسلامی، مقابله با فرصتطلبیهای احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام امام را بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر كرد ( قصه ... ، 95).
.II دهۀ اول انقلاب اسلامی: (بهمن1357 ـ خرداد 1368)
الف ـ شورای انقلاب
یكی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای در روند تكوّن نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر 1357 و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحلۀ انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به‌تدریج انتخاب شدند، اما به سبب رعایت ملاحظات مختلف به‌صورت رسمی در آستانۀ پیروزی انقلاب در 22 دی 1357 اعلام گردید (صحیفه، 5/426- 428). نخستین اعضای شورا مرتضى مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامۀ کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند (خاطرات آیت‌الله ... ، 183). آیت‌الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد (پا به پای، 2/192). شورا در این مقطع، تصمیمگیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جملۀ آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، ازجمله آمریکا و نیز تشكیل كمیتۀ استقبال از امام خمینی بود (قاسمپور، 92-94). اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود (هاشمی، انقلاب و، 169).
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانونگذاری در غیاب قوۀ مقننه، انجام دادن بخشی از وظایف قوۀ مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر 1358 و انجام دادن همۀ وظایف آن پس از استعفای دولت موقت در 14 آبان 1358. در كنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحرانهای پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود (سائلی، 11). به‌رغم تغییر چندین‌بارۀ تركیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانۀ آن تا پایان فعالیتش در 29 تیر 1359 آیت‌الله خامنه‌ای عضو ثابت آن باقی ماند (همو، 49-62). ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مكرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب تودۀ ایران و دیگر احزاب و گروههای مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصۀ فرهنگ كشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود (خلاصه ... ، جلسه‌های مختلف). او معتقد بود كه در شورای انقلاب باید از قشرهای گوناگون جامعه نماینده‌ای حضور داشته باشد (همان، جلسۀ 10/12/1357). مسائل كردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود كه دولت موقت در قضیۀ كردستان ضعف نشان داده است و باید آن را از راههای مختلف حل كرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی كشور جلوگیری نمود (همان، جلسه‌های 29/12/1357؛ 4/6/ 1358؛ 15/7/ 1358؛ 2/ 9/ 1358). در مورد منطقۀ سیستان و بلوچستان نیز براساس تجربۀ حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت (همان، جلسه‌های 15/1/ 1358؛ 19/1/ 1358؛ 11/6/ 1358؛ 28/ 8/ 1358؛ 6/10/ 1358 و 8/10/ 1358). در این زمینه در 9 فروردین 1358 از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیئتی عازم آن منطقه شود تا به خواستها و مشكلات مردم رسیدگی، و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه كند (صحیفه، 6/ 429). در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار، و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنان تشریح و تبیین كرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود (خلاصه، جلسه‌های 10/4/ 1358؛ 14/6/ 1358؛ 4/ 9/ 1358).
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر 1358 برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانههای حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. در این زمان دکتر مصطفى چمران وزیر دفاع بود (دولتها ... ، 457، 459). همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوۀ مجریه صورت گرفت، وی به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیۀ امور انتظامی، نظامی و امنیتی، ازجمله بحرانهای گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید (سائلی، 117- 118).
از دیگر مأموریتهای وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در 3 آذر 1358 بود (خلاصه، جلسۀ 3/ 9/ 1358). وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شركت می‌كرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود كه در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شكل گرفته بود و با تلاشهای میانجی‌گرانه به نتیجه نرسیده بود (رسالت، شم 997، ص 10). وی كه از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به‌ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی كرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در 5 اسفند 1358 از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا کرد (هاشمی، انقلاب و، 449).
ب ـ حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم‌زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دورۀ گذار (همان، 125)، بههمراه سید محمد حسینی بهشتی، اكبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالكریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشكلی انقلابی فعالیت می‌كرد (همان، 215- 218). این تشكل با نام حزب جمهوری اسلامی در 29 بهمن 1357 رسماً اعلام موجودیت كرد، اما سابقۀ تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان 1356 برمیگردد که در آن برخی از مبارزان ازجمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی درصدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعۀ اندیشۀ اسلامی بودند (جاسبی، 4/ 149). بر این مبنا حزب در دورۀ فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود (جاسبی، 4/146-147). از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به این موارد اشاره کرد: پرکردن خلأ ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، كمك به تداوم انقلاب و حفظ یک‌پارچگی و حضور مردم در صحنه، پی‌ریزی بنیانهای اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش‌آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشۀ اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظۀ سیاسی مردم، كمك برای تأمین نیروی انسانی دستگاههای اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضعگیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی ( کارنامه ... ، 4-7). وی از تهیهکنندگان مرام‌نامۀ حزب بود. در تقسیمبندی وظایف اعضا نیز وظیفۀ تبلیغات حزب را برعهده گرفت (جاسبی، 4/146). آیت‌الله خامنه‌ای عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دورۀ تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوههایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبۀ حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در 26 اسفند 1357 افتتاح کرد.
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ــ اولین و دومین دبیرکل حزب ــ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور 1360 از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد (هاشمی، عبور ... ، 263). در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهۀ 1360، حزب جمهوری اسلامی به مثابۀ رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت میکرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود (همو، آرامش ... ، 267). آیت‌الله خامنه‌ای حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از كلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانست. نخستین کنگرۀ حزب در اردیبهشت 1362 برگزار و آیت‌الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیر‌کلی حزب و عضویت شورای مرکزی (خاطرات سیدمرتضى ... ، 168) و شورای داوری حزب (جاسبی، 4/300) انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت میکرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای اعضای دفترها و شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد (جمهوری ... ، شم 1541، ص 15؛ شم 1543، ص 2).
وی هم‌زمان با دورۀ دوم ریاست جمهوری نیز دبیركلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیۀ خود را نداشت. از جملۀ آن دلیلها می‌توان این موارد را یاد کرد: رفع بحرانهای سالهای اولیۀ انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی كه حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیتهای محوری حزب ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیان‌گذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناحبندیها در درون حزب («فراز‌و‌نشیب ... »، 11). از این‌رو، آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد 1366 با نگارش نامه‌ای به امام خمینی و ذكر دلایل یادشده، به‌ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند (جمهوری، شم 2320، ص 1). امام خمینی نیز در 11 خرداد 1366 با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد (صحیفه، 20/275).
ج ـ امامت جمعۀ تهران
امام خمینی در 24 دی 1358 آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعۀ تهران منصوب كردند (همان، 12/116). آیت‌الله خامنه‌ای نخستین نماز جمعه را در 28 دی 1358 امامت كرد (در مكتب ... ، 2/1-3). از این تاریخ تا واقعۀ 6 تیر1360 كه در مسجد ابوذر تهران به وی سوء قصد شد و بر اثر آن به شدت مجروح گردید، به‌جز مقطع 21 بهمن تا 6 اسفند 1359 كه در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر می‌برد، نماز جمعۀ تهران را اقامه كرد (همان، 2/ جم ، 3/ جم ). پس از آن نیز همواره این سمت را برعهده داشت. اقدام مهم و ابتكاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمۀ جمعه به منظور انسجام شبكۀ امامان جمعه در داخل كشور و جهان اسلام بود كه پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسۀ فیضیۀ قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعدد دیگری نیز برگزار گردید ( فرهنگ و ... ، 311). وی در خطبه‌های نماز جمعه به‌عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطعترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده، و همچنین، به تعمیق اندیشۀ دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگیهای خطبه‌های ایشان بوده است.
د ـ در مجلس شورای اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دورۀ قانونگذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند 1358، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعۀ روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد (رضوی، 384) و از حوزۀ انتخابیۀ تهران وارد مجلس گردید. در مجلس، عضو و رئیس كمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن كمیسیون بررسی شد كه از مهم‌ترین آنها می‌توان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئلۀ كردستان، مسائل مرزی، مسئلۀ بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را یاد کرد ( آشنایی ... ، 90-91). از موضعگیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبتهای مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد (خلاصه، جلسه‌های 166- 168). با آغاز جنگ ایران و عراق در 31 شهریور 1359 و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در 6 تیر 1360 در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر 1360 قوّۀ مقننه را ترك گفت.
ه ـ دفاع مقدس
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ فعالانه به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه کرد و از رادیو به اطلاع مردم رساند (خاطرات ماندگار، 12). در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای كه در ستاد مشترك ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشكیل شد، حضور یافت و آن گاه كه قرار شد یك نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین كسی كه این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود (همان، 11). در 5 مهر 1359 پس از اجازۀ امام خمینی در كسوت یك نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت ( اطلاعات، شم 21889، ص 9) تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امكانات نیروهای ایرانی منطقۀ مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن كمك کند (جمهوری، شم 387، ص 1). بر این اساس راهی جبهۀ جنوب شد و تا اواسط بهار سال 1360 در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن، در جبهۀ غرب حاضر شد. حضور وی جز برای اقامۀ نماز جمعۀ تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانیهای لازم، مستمر بود (مصاحبه‌ها (1360)، 7- 8). وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شركت كرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تداركاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنۀ نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ كه توسط مصطفى چمران تشكیل شده بود ــ صرف می‌شد ( امید ... ، شم 147، ص 8- 9). از اقدامات ویژۀ این ستاد كه آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشكیل گروههای نظامی مخصوص شكار تانك بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیۀ نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود (خاطرات و حكایتها، 10/7-20). از دیگر تلاشهای وی ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود ( كیهان، شم 11155، ص 4).
به فرمان امام خمینی در 20 مهر 1359 شورای عالی دفاع عهده‌دار كلیۀ امور جنگ شد (صحیفه، 13/263-264) و آیت‌الله خامنه‌ای براساس حکم امام در 20 اردیبهشت 1359 نمایندۀ وی در این شورا (همان، 12/281) و نیز سخن‌گوی آن شد (جمهوری، شم 409، ص 6). در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود (بنی‌لوحی، 172-173). وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع دربارۀ مباحث و تصمیمات شورا مصاحبۀ مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم میرسانید (جمهوری، شم 409، ص 6).
در عملیات شكستن حصر آبادان ( از جنوب ... ، 174؛ اطلاعات، شم 19153، ص 5) حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت كه با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری كرد، حتى در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده كل قوای وقت نوشت و هشدار داد كه در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد، اما بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نكرد (مصاحبه‌ها (1360)، 59).
اندكی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیتها و سازمانهای بین‌المللی و نیز برخی از كشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیتهایی دست زدند. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی كه عراق شروط اصلی ایران شامل عقب‌نشینی به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمینهای خود بیرون می‌كنیم. همچنین معتقد بود كه صلح تحمیلی بدتر از جنگ است (در مكتب، 9/ 8/ 59). با وجود این، تردد هیئتهای صلح را از این نظر كه باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او بر ضد مردم ایران می‌شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام كمك می‌كرد، مفید می‌دانست (جمهوری، شم 509، ص 2).
در دو دورۀ ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود. از 1360 تا 1364 ش تحولاتی در صحنۀ جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمینهای اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد كشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیك ایران در عرصۀ بین‌المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد. وی طی 7 سال از مجموع 8 سال دوران ریاست‌جمهوری خود كه مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاكرات خارجی خود را به مذاكره با هیئتهای حسن‌نیت صلح كه از سوی سازمانهای بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیتهای مهم بین‌المللی و منطقه‌ای كه مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص داد. در دورۀ ریاست‌جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کرد، اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها او را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین آیت‌الله خامنه‌ای در دورۀ ریاست‌جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در 1365 ش و به منظور به‌كارگیری هرچه بهتر امكانات كشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امكانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشكیل شد (همان، شم 2088). امام خمینی در پاسخ به استعلام وی در 19 بهمن 1366 مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام كرد (صحیفه، 20/467).
در تابستان 1367 ــ در آخرین سال ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای ــ با پذیرش قطعنامۀ 598 توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامۀ 598 در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی‌رتبۀ نظام در 26 تیر 1367 به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت (درودیان، 163). امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئلهای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشندهتر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم ... در قبول این قطعنامه فقط مسئولان کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفتهاند؛ و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است» (صحیفه، 20/92- 95). به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در 27 تیر 1367 به دبیركل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دكوئیار، پذیرش قطعنامۀ 598 سازمان ملل از سوی ایران را اعلام كرد (ولایتی، 278- 279).
و ـ فعالیتهای ارشادی و تبیینی
بخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست‌جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضى مطهری و خلأی كه از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در 23 خرداد 1358 طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فكری و اعتقادی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه ماركسیستها در محیط دانشگاهی تعیین كرد (صحیفه، 8/ 138). وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در 31 شهریور 1359 روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامۀ جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسشهای فكری و سیاسی آنها پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثۀ سوءقصد به وی در مسجد ابوذر در خلال یکی از همین جلسات رخ داد (جمهوری، شم 113، ص 8، شم 182، ص 10، شم 192، ص 10).
اقدام دیگر او مقابله با تلاشهایی بود كه از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شكلگیری بود. بدین نحو كه نامه‌ای به امضای 15 نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهارنظر وی انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی كرد به صورت دستهجمعی استعفا كنند (مصاحبه‌ها (1360)، 112-114). آیت‌الله خامنه‌ای كه از سوی شورای انقلاب در جلسۀ هیئت وزیران شركت می‌كرد، بعد از طرح نامۀ مذكور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأكید ورزید. امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامۀ كار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأكید كرد (صحیفه، 10/320).
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن 15 هجری قمری نیز بود، بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به كشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاههای جمهوری اسلامی ایران و ویژگیهای انقلاب اسلامی را برای ملتها، به‌ویژه ملتهای مسلمان تشریح و تبیین كنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت. وی به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند 1359 به شهرهایی چون دهلی‌نو، حیدرآباد، بنگلور ( كیهان، شم 11222، ص 4) و منطقۀ كشمیر (جمهوری، شم 498، ص 3) سفر كرد و در سخنرانیها، دیدارها و گفت‌وگوها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به‌ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاهها، تشكلها و شخصیتهای اسلامی و شیعیان هند چهرۀ واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به‌ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان كرد ( كیهان، شم 11218، ص 12؛ جمهوری، شم 497، ص 3). همچنین، با خانم گاندی نخست‌وزیر هند ــ که از شخصیتهای معتبر و موجه بین‌المللی بود ــ دیدار و گفت‌وگو کرد (در مكتب، 3/114- 118).
ز ـ مقابله با لیبرالها و بنی صدر
یكی از مسائل مهم جامعۀ ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرالها در ساختار سیاسی رسمی كشور بود. بیشتر یاران، نزدیكان و مشاوران امام خمینی ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهرۀ شاخص جناح لیبرال كه از لحاظ فكری و بینش سیاسی تعارضهای زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود. آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نمایندۀ جریانی می‌دانست كه عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد كشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود (زندگینامه ... ، 166-172). اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفكر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأكید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌كرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی‌صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست‌جمهوری در مجلس شورای اسلامی در 30 خرداد 1360، آیت‌الله خامنه‌ای در موافقت با طرح، نطق مشروح و مؤثری را ایراد کرد (مشروح ... ، دورۀ اول، جلسۀ 167).
آیت‌الله خامنه‌ای از 1358 تا اول تیر 1360 در موارد گوناگون بر ضد جناح لیبرال و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی آمریكا در ایران با تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت كرد (مصاحبه‌ها (1363-1364)، 114-116). در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئلۀ پاكسازی در ادارات و سازمانهای دولتی نیز با انتخاب افرادی كه در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با آمریكا و یا رابطه داشتن با كشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌كرد (خلاصه، جلسه‌های متعدد).
آیت‌الله خامنه‌ای در 6 تیر 1360 و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی كه در ضبط‌صوت كار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد (هاشمی، انقلاب در ... ، 176). امام خمینی در پیامی خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای توطئۀ سوءقصد به جان وی را محكوم کرد و از او تجلیل نمود (صحیفه، 14/504). بر اثر این سوء قصد، وی از ناحیۀ سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند (جرعه‌نوش ... ، 217- 218). آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست‌جمهوری ترور شد. در 18 مرداد 1360 از بیمارستان مرخص شد و مجدداً به صحنۀ اجتماع و سیاست بازگشت و از 26 مرداد 1360 در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد (مشروح، دورۀ اول، جلسۀ 199).
ح ـ دوران ریاست جمهوری
پس از شهادت محمدعلی رجایی ــ دومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران ــ شورای مركزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعۀ مدرسین حوزۀ علمیۀ قم به اتفاق آرا و به‌رغم مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای، وی را به عنوان نامزد ریاست‌جمهوری انتخاب كردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبودند، با نامزدی او موافقت کردند (فارسی، 543-544).
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروهها و شخصیتهای مختلف از ریاست‌جمهوری او حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروههای خط امام بود (جمهوری، شم 667، 668، 669، 670، 671، ص 1، 11). انتخابات در 10 مهر 1360 برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با كسب اکثریت مطلق آراء (11/95٪) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد (همان، شم 678، ص 11). در 17 مهر 1360 امام خمینی حكم ریاست‌جمهوری وی را تنفیذ كرد (صحیفه، 15/ 278) و او در 21 مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد كرد (مشروح، دورۀ اول، جلسۀ 224).
آیت‌الله خامنه‌ای در 27 مهر 1360 علی‌اكبر ولایتی را كه عضو شورای مركزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی كرد (همان، جلسۀ 226)، ولی وی در رأیگیری روز 30 مهر 1360 نتوانست آراء اكثریت نمایندگان را كسب نماید (همان، جلسۀ 227). در 4 آبان 1360 میرحسین موسوی را كه عضو شورای مركزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامۀ جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجۀ دولتهای رجایی، باهنر و مهدوی كنی (دولتها، 461، 467، 472، 482) بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی كرد (مشروح، دورۀ اول، جلسۀ 229). او توانست در 6 آبان 1360 آراء موافق اكثریت نمایندگان مجلس را كسب كند (همان، جلسۀ 230).
آیت‌الله خامنه‌ای ریاست‌جمهوری خود را در حالی آغاز كرد كه نهاد ریاست‌جمهوری دارای ساختار مناسبی نبود. گروههای مشاور و كارگروهها برای كمك به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشكیل نشده بود و این امر مشكلات فراوانی را برای عملكرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست‌جمهوری با چندین مشاور و كارگروه شكل گرفت («خاطرات ... »، 7). آیت‌الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس‌جمهور و نهاد ریاست‌جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس‌جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دورۀ اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس‌جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ 16 اردیبهشت 1365 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید (مشروح، دورۀ دوم، جلسۀ 268).
سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دورۀ چهارسالۀ اول ریاست‌جمهوری عبارت بود از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی؛ نیل به سیاستهای اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز؛ طاغوتزدایی از همۀ شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران؛ کشف و به‌کارگیری استعدادهای انسانی در همۀ عرصهها از تکنیک تا هنر؛ تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائۀ خدمت مؤثر به مردم؛ تأمین امنیت و آزادی همۀ افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر (حاج سیدجوادی، 103-104).
در دورۀ چهارسالۀ دوم نیز ضمن ادامۀ برنامه‌های دورۀ اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، این موارد نیز از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود: تدوین لایحۀ اختیارات ریاست‌جمهوری، کاهش تصدیگری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولان لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانیمدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمینهای کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیمشدن کارگران در کارخانهها، گسترش و توسعۀ صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی (جمهوری، شم 1799، ص 10-11).
در عرصۀ سیاست و روابط خارجی برنامۀ وی شامل این موارد بود: اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یك از كشورهای جهان و تصمیم‌گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب (نوازنی، 1/ 298، 300، 339 و 392)، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در باز پس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزۀ مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطۀ ابرقدرتها در منطقه، اهتمام جدی به مسئلۀ قدس و دیگر سرزمینهای غصبشدۀ فلسطین و آمادگی برای مبارزۀ همهجانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصۀ بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنههای بین‌المللی (علیبابایی، 6/130).
آیت‌الله خامنه‌ای باتوجه به تجربۀ مشكلات و اختلافنظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهارسالۀ اول ریاست‌جمهوری، مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست‌جمهوری شركت كند، اما پس از آنكه امام خمینی آن را تکلیف شرعی وی دانست، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دورۀ ریاست‌جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت (هاشمی، امید ... ، 22-23؛ جرعه‌نوش، 237).
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانۀ انتخاب نخست‌وزیر آن گاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت ادارۀ کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخستوزیری است، برخی نظامیها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخستوزیری دوبارۀ مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفت و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کرد که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و به‌رغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد (هاشمی، همانجا). در دورۀ دوم ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
در 8 شهریور 1362 آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حكم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حكم را در پاسخ به استعلام آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر كرد (صحیفه، 18/83-84). همچنین دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در 19 آذر 1363، صورت داد (همان، 19/110-111). در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام یافت و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد (بیست سال ... ، 7- 8). آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دورۀ ریاست‌جمهوری خود در تیر 1368 عهده‌دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی كشور نقش مؤثری ایفا نمود (صحیفه، 19/171، 316، 21/ 148، 343؛ نک : بیست سال، جم ).
در دوران هشت‌سالۀ ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعال‌تر شد. یکی از شاخصهای توسعۀ سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعۀ روابط بود که در دورۀ اول ریاست‌جمهوری شروع شد و در دورۀ دوم توسعه یافت (آرشیو مركز پژوهش ... ، پرونده‌های دورۀ ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای). او در دورۀ اول ریاست‌جمهوری از 15 تا 20 شهریور 1363 به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دورۀ دوم از 23 دی تا 3 بهمن 1364 به كشورهای آسیایی و افریقایی، پاكستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا، و موزامبیك سفر نمود. از 11 تا 15 شهریور 1365 برای شركت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر كرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی كرد و با برخی از سران كشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود (جمهوری، شم 1921، ص 12). از 2 تا 6 اسفند 1367 به کشورهای یوگسلاوی و رومانی (همان، شم 2826، ص 12، شم 2827، ص 11) و از 19 تا 26 اردیبهشت 1368 به کشورهای چین و کرۀ شمالی سفر كرد (همان، شم 2886، ص 12؛ شم 2889، ص 2).
آیت‌الله خامنه‌ای در 31 شهریور 1366 در چهل‌ودومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شركت كرد و در سخنرانی خود دیدگاهها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود (همان، شم 2413، ص 10). نکتۀ حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از او و فعالیتهایش برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعۀ مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینۀ سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروههای سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترکشان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشتگانۀ افغانستان که به رقابت زیان‌بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداقهای مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنۀ حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروههای اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظهای بخشید.
دیدار با قشرهای مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شركت در مراسم افتتاح طرحها، شركت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دورۀ ریاست‌جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به‌ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دورۀ ریاست‌جمهوری بود. بر این پایه ملاقاتهای مردمی ــ در مناسبتهای مختلف ــ و دیدار با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطۀ زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف كشور، با هدف ملاقات با قشرهای مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشكلات آنها از نزدیك، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن ازجمله ابتكارات، فعالیتهای مستمر و مؤثر وی بود.
در 16 دی 1366، امام خمینی در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات وی در خطبه‌های نماز جمعۀ تهران در موضوع حدود اختیارات حكومت اسلامی و ولایت فقیه، حكومت اسلامی را از احكام اولیۀ اسلام و مقدم بر تمامی احكام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامۀ امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کرد. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده، و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند: «اینجانب از سالهای قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشتهام و همان ارتباط بحمدالله تعالى تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقۀ فقیه جداً جانب‌داری میکنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی ازجمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی میدهید» (صحیفه، 20/452، 455).
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامۀ سران کشور (ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در 17 بهمن 1366 با تشكیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت كردند (همان، 20/463- 465). بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص گشت ( گفت‌وگو با ... ، 52). وی این سمت را تا پایان دورۀ ریاست جمهوری عهده‌دار بود (همان، 68- 69).
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌سالۀ ریاست‌جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یكی از نزدیكان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی مأموریتهایی فراتر از وظایف ریاست‌جمهوری به او محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند؛ و در 15 فروردین 1362 تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند (صحیفه، 17/397). امام در اول آبان 1362 آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور پیگیری مطالبات ایران از آمریكا و سایر كشورها كردند (همان، 18/ 188). در اول آذر همان سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشكیل ادارۀ حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمودند (همان، 18/ 228). در 9 دی 1362 وی را مأمور بررسی مجدد لایحۀ تعزیرات کردند (همان، 18/272). امام در 23 بهمن 1367 آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورایعالی قضایی دعوت كند تا در جلسۀ سران 3 قوه شركت كرده، و طرحهای خود را در زمینۀ تقسیم كار برای ادارۀ بهتر آن شورا مطرح نمایند (همان، 21/ 258). در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسۀ سران 3 قوه موافقت نمود (همان، 21/264). در 4 اسفند 1367 نیز در نامه‌ای او را مسئول رسیدگی به مشكلات عراقیهای مقیم ایران كرد (همان، 21/315).
امام خمینی در حکمی در 4 اردیبهشت 1368 خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای هیئتی متشكل از 20 نفر ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمود تا به همراه 5 نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشكیل داده و به اصلاح، بازنگری و تكمیل قانون اساسی در موضوعات پنجگانه بپردازند (همان، 21/363-364). پس از تشکیل شورای یادشده آیت‌الله مشكینی به عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اكبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند (صورت ... ، 1/1- 29). شورا در طول 41 جلسه در مورد 5 موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمركز در قوای مجریه و قضائیه، تمركز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و شمار نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود (همان، ج 1- 4، جم ). این جلسات تا پس از رحلت امام‌خمینی ادامه داشت.
.III دوران رهبری
الف ـ انتخاب به مقام رهبری نظام جمهوری اسلامی
انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به مقام رهبری نظام جمهوری اسلامی بعد از رحلت بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران، یكی از فرازهای مهم تاریخ ایران در دوران پس از پیروزی انقلاب است. سرعت عمل و آراء قاطع نمایندگان مجلس خبرگان به آیت‌الله خامنه‌ای و ویژگیهای شخصیتی، سوابق مبارزاتی و مدیریتی قابل ملاحظۀ ایشان و از همه مهمتر، اصرار و تأكید همیشگی بر ضرورت تداوم راه و آرمانهای امام خمینی، مرحلۀ نوینی از تاریخ ایران را با اقتدار همراه با ثبات و آرامش رقم زد.
عدم انتخاب جانشین برای امام خمینی از یک طرف و حساسیتهای ناشی از شرایط «نه جنگ و نه صلح» بین ایران و عراق و تداوم خصومت و دشمنی نظام سلطۀ جهانی نسبت به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی که همواره مترصد زدن ضربهای به آن بودند، به این دوره از تاریخ ایران حساسیت ویژه‌ای داده بود. لذا پس از رحلت امام خمینی، موضوع انتخاب رهبری برای نظام جمهوری اسلامی، اهمیت فوقالعادهای داشت.
در 14 خرداد 1368، در حالی که مردم و مسئولان آمادۀ تشییع و خاک‌سپاری پیکر پاک امام خمینی بودند، در جلسه‌ای با حضور مسئولان کشوری و لشکری، آیت‌الله‌خامنه‌ای، رئیس جمهور، وصیتنامۀ سیاسی ـ الٰهی امام خمینی را قرائت كردند. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشكیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب كند. مطابق اصل 107 قانون اساسی مصوب 1358 ش، انتخاب رهبری بر عهدۀ نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد. در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی نداد و آن گاه که بحث از مصداق رهبری برای رأیگیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد، برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخست‌وزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند، اطلاع اجمالی داشتند، خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند، استناد این نظر به امام را تأیید کردند. همچنین گفتۀ دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کرۀ شمالی ابراز کرده بودند، نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رأیگیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیتهای دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظمٌ‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند («چگونگی ... »، 18؛ هاشمی، بازسازی ... ، 149-151). آیت‌الله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، میگویند: تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَیّن ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع میکردم (حدیث، 1/182-183). پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همهپرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری ایشان رأیگیری کرد و اکثریت قاطع مجدداً معظمٌ‌له را به رهبری نظام انتخاب کردند.
برخی زمینه‌های اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای عبارت‌اند از: مبارزۀ طولانیمدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیتهای همهجانبۀ سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشنبینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی. امام خمینی به مناسبتهای گوناگون شایستگیها، تعهد و خدمتگزاری آیت‌الله خامنه‌ای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تأیید قرار داده بودند. ایشان در تاریخ 7 تیر 1360 در بخشی از پیام خود به مناسبت ترور آیت‌الله خامنه‌ای فرمودند: «اكنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما كه از سلالۀ رسول اكرم (ص) و خاندان حسین بن علی (ع) هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و كشور اسلامی ندارید و سربازی فداركار در جبهۀ جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنۀ انقلاب می‌باشید، میزان تفكر سیاسی خود و طرف‌داری از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندید. اینان با سوءقصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر كشور، بلكه جهان جریحه‌دار نمودند. اینان آن‌قدر از بینش سیاسی بی‌نصیب‌اند كه بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به كسی سوء قصد كردند كه آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است ... من به شما خامنه‌ای عزیز، تبریك می‌گویم كه در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالى سلامت شما را برای ادامۀ خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم» (صحیفه، 14/504). امام در تاریخ 8 شهریور 1365 به افراد و رجال سیاسی توصیه کردند که در گفتارشان به جای عیبجویی دائمی، مثل آیت‌الله خامنه‌ای باشند که همیشه همه را نصیحت می‌کند و خدماتش را به رخ مردم نمیکشد (همان، 20/127). در تاریخ 21 دی 1366 در پاسخ به نامۀ آیت‌الله خامنه‌ای در مورد ولایت مطلقۀ فقیه، در بخشی از نامه نوشتند: «اینجانب که از سالهای قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشتهام و همان ارتباط بحمدالله تعالى تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری آشنا به مسائل فقهی که متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقۀ فقیه جداً جانب‌داری میکنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی ازجمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی میدهید» (همان، 20/455).
حجت‌الاسلام والمسلمین سید احمد خمینی، نزدیك‌ترین فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق كامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیت‌الله خامنه‌ای گفتند: «الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند» (جرعه‌نوش، 265). زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی بیان کرده که آن‌گاه که از امام دربارۀ رهبری آیندۀ نظام پرسیده است، ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای نام بردند و آن‌گاه که از مقام علمی آیت‌الله خامنه‌ای سؤال کرده است، ایشان اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای را تأیید کرده‌اند (جمهوری، شم 5352، ص 2). آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز نقل کرده است که زمانی که امام درصدد عزل آیت‌الله منتظری از رهبری آینده بودند، در جلسه‌ای كه با حضور سران 3 قوه، نخست‌وزیر (میرحسین موسوی) و حاج سید احمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود در مورد جانشین رهبری بحث شد، امام از آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری آیندۀ نظام نام بردند. وی همچنین بیان داشته که در جلسۀ خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابراز نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیت‌الله خامنه‌ای فرمودهاند: «شما در بن‌بست نخواهید بود، چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمیدانید؟» (مرجعیت ... ، 70).
بدون تردید مقطع زمانی انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژه‌ای بوده است. برخی نگرانیها که در پی بیماری امام خمینی به وجود آمده بود، عبارت بودند از: 1. مدیریت كشور در دورۀ پس از امام خمینی (جمهوری، شم 2950، ص 14-15)؛ 2. ناتمام بودن اصلاح و بازنگری قانون اساسی؛ 3. نگرانی از حمله یا تحریكات نظامی عراق، آمریكا و منافقین، با توجه به نقض مکرر آتشبس توسط عراق و تبلیغات وسیع برای پیروز قلمداد كردن خود در جنگ؛ 4. ادامۀ بحران ناشی از توطئۀ انتشار كتاب آیات شیطانی در حوزۀ سیاست خارجی و صدور حکم امام خمینی مبنی بر ارتداد سلمان رشدی، نویسندۀ آن که با واكنش سرسختانۀ كشورهای غربی مواجه شد (جمهوری، شم 2852، ص 3؛ کیهان، شم 13621، ص 1، 12).
اما آنچه همۀ نگرانیها را به امید تبدیل كرد عبارت بودند از:
1. انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به مقام رهبری که در کوتاهترین زمان روی داد.
2. تشییع و وداع میلیونی و بینظیر مردم با امام خمینی و شكل گرفتن بزرگترین تشییع و وداع با یك رهبر مردمی که همچون طوفان عظیمی احتمال هرگونه توطئۀ دشمن را منتفی کرد.
3. تأیید و بیعت مسئولان ارشد نظام، بیت امام، مراجع تقلید و علما، نخبگان، شخصیتهای حوزوی و دانشگاهی، خانواده‌های شهدا و قشرهای مختلف مردم.
4. نهادهایی که نماد اقتدار کشورند از انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به مقام رهبری حمایت و آمادگی خود را برای اطاعت از اوامر ایشان اعلام نمودند (حدیث، 1/ جم ).
5. حاج سید احمد خمینی ساعاتی پس از انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری، با ارسال پیام تبریکی به ایشان اظهار داشت: «حضرت امام بارها از جناب‌عالی به عنوان مجتهد مسلم و نیز بهترین فرد برای رهبری نظام اسلامی‌مان نام می‌بردند. من و تمامی اعضای بیت امام از حضرات آیات خبرگان محترم صمیمانه تشكر می‌نماییم؛ چرا كه معتقدیم روح امام عزیزمان از این انتخاب شاد و آرام شده است. من بار دیگر چون برادری كوچك اوامر آن ولی فقیه را بر خود لازم‌الاجرا می‌دانم» (جمهوری، شم 2924، ص 3).
6. بیعت وسیع و گسترده این پیام را به همراه خود داشت كه جانشین امام خمینی، در حوزۀ نظر و عمل، اعتقاد راسخ به راه و تفكر امام دارد و آن را با تمام توان استمرار خواهد بخشید. این بیعتها به صورت حضوری، شركت در راهپیماییها، انتشار اطلاعیه و پیام تبریک و امضای طومارها پس از آن انجام گرفت ( کیهان، شم 13631). «كاروانهای میثاق با امام و بیعت با رهبری» در آستانۀ چهلمین روز ارتحال امام خمینی از سراسر کشور به راه افتاد (جمهوری، شم 2929) و «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و استراتژیك كشور (همان، شم 2972) و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت (همان، شم 2979). بیعت با آیت‌الله خامنه‌ای، تا ماهها استمرار یافت و به جهانیان ثابت كرد كه ایران با رهبری آیت‌الله خامنه‌ای همچنان پرچمدار امت اسلامی است.
7. مواضع صریح و مکرر آیت‌الله خامنه‌ای مبنی بر تداوم راه امام و حفظ وحدت و ایجاد اعتماد متقابل بین مردم و رهبری و پافشاری بر حفظ اصول دینی، شرع و فقه اسلامی، حمایت بی‌دریغ از مستضعفان و محرومان و قشرهای پایین جامعه و ایجاد وحدت و همبستگی با ملتهای مظلوم و عزت بخشیدن به اسلام و ملتهای مسلمان و مرعوب نشدن از تهدیدات قدرتهای جهانی. آیت‌الله خامنه‌ای از امام خمینی به عنوان «ریشۀ شجرۀ طیبۀ انقلاب» یاد کردند و اعلام نمودند که «ما راه خود را بر اساس راه امام ادامه خواهیم داد» (حدیث، 1/3-5، 95، 314).
ب ـ سیاست داخلی
سیاست داخلی در این دوره با پنجمین دورۀ انتخابات ریاست‌جمهوری و نیز همهپرسی اصلاح قانون اساسی مصوب سال 1358 شروع می‌شود. از آغاز دورۀ رهبری آیت‌الله خامنه‌ای تاکنون 7 دولت با رأی مستقیم مردم تشکیل شده است. یکی از ویژگیهای عمدۀ تشکیل دولتها در این مقطع برگزاری انتخاباتهای پرشور و رقابتی بوده است. رویکرد دائمی رهبر انقلاب اسلامی در مورد دولتها رویکردی حمایتی بوده، و در عین حال نگاه انتقادی نسبت به برخی از اقدامات و عملکرد دولتها وجود داشته است. آیت‌الله خامنه‌ای دستورات و توصیههای مهمی به دولتها در نهان و آشکار داشته‌اند. برخی از مهم‌ترین توصیههای ایشان عبارت‌اند از: توجه به قشرهای ضعیف و محروم، حرکت در مسیر شریعت و عدم انحراف از آن، تداوم راه امام خمینی و ارتباط با مردم.
یکی از راهبردهای مورد نظر رهبری انقلاب برای غلبه بر چالشها، طرح و تحلیل ابعاد و ظرفیتهای مختلف گفتمان انقلاب اسلامی، به ویژه در میان دانشجویان و جوانان بوده است. پیامدهای عملی و مصادیق عینی این رویکرد در رخدادها و چالشهای مهمی همچون رویدادهای کوی دانشگاه تهران در تیر 1378 و وقایع سال 1388به ظهور رسید.
1. سفرهای استانی: یکی ازمهمترین اقدامات رهبر انقلاب برای تداوم ارتباط با مردم و خدمت به آنها، سفرهای استانی بود. آیت‌الله خامنه‌ای اهمیت سفرهای استانی را ملاقات با مردم و احوالپرسی از قشرهای مختلف، حضور در میان آنها، اطلاع از اوضاع و پیدا کردن معلومات از نزدیک در مورد زندگی و مسائل مردم می‌دانند (مصاحبه در پایان سفر به استان چهارمحال و بختیاری، 7/7/1371). ایشان از سفرهای استانی رؤسای جمهور نیز همواره به عنوان یکی از اقدامات مهم برای حفظ رابطۀ دولت با مردم و آگاهی از مسائل و مشکلات آنها از نزدیک یاد کرده، و بر انجام و تداوم آن تأکید نموده‌اند (بیانات، 8/ 12/1384). در نظر رهبر انقلاب سفرهای استانی مسئولان دارای این آثار است: موجب تعمیق پیوند آنان با مردم و مردم با نظام جمهوری اسلامی؛ محرومیتزدایی؛ توسعه و پیشرفت اقتصادی، صنعتی، اجتماعی و فرهنگی کشور؛ گام مهمی در راستای اجرای عدالت اجتماعی؛ وحدت و تقویت همگرایی بین اقوام و قشرهای مختلف مردم در سراسر کشور. از دیگر اهداف سفرها می‌توان به این موارد اشاره کرد: ارتباط مستقیم تصمیمگیران و مجریان، ارتباط با نخبگان و مدیران محلی، تجلیل از خانواده‌های شهدا و ایثارگران، بزرگداشت خادمان محلی کشور، بیدار کردن استعدادهای نهفته. همچنین دیدار از مناطق محروم در سالهای پس از پایان جنگ یک راهبرد برای نظام جمهوری اسلامی محسوب می‌شد.
2. وقایع سالهای 1378 و 1388 ش: یکی از رخدادهای دوران رهبری آیت‌الله خامنه‌ای حوادث کوی دانشگاه تهران در تیر 1378 بود که با هدایتهای رهبری انقلاب و حضور مردم مهار شد. ایشان ضمن تبیین ابعاد و پیامدهای آن حادثه، آن را حادثهای تلخ و غیرقابل قبول در جمهوری اسلامی شمردند و نسبت به برخورد جدی و قانونی با متخلفان و عاملان آن تأکید کردند (بیانات، 21/4/ 1378). همچنین، آن را درسی مهم برای مسئولان، دانشجویان و مردم دانستند (خطبه‌ها، 8/5/ 1378). رخداد مهم دیگر وقایع پس از انتخابات دهمین دورۀ ریاست جمهوری بود که ناشی از نارضایی برخی از نامزدهای معترض به نتیجۀ انتخابات بود. حضور 85 درصدی واجدان شرایط در این انتخابات، از فرازهای مهم انقلاب اسلامی بود. رهبر انقلاب اسلامی در پیام تبریک به مردم ضمن اشاره به اهمیت این مشارکت گوشزد کردند که دشمنان می‌خواهند شیرینی این رویداد را از کام ملت بزدایند. این واقعه با تدابیر و رهنمودهای آیت‌الله خامنه‌ای از میان رفت (بیانات، 6/12/ 1388). به نظر ایشان لغزش و تردید خواص موجب سستی پایه‌های جامعه می‌شود (بیانات، 22/ 9/ 1388؛ بیانات، 16/5/1391).
ج ـ سیاست خارجی
براساس اصل 110 قانون اساسی، تعیین سیاستهای کلی نظام ازجمله سیاست خارجی پس از مشورت با مجمع تشخیص مصلحت نظام و همچنین نظارت بر آنها بر عهدۀ رهبر انقلاب اسلامی است. تصویب یا رد سیاست خارجی از اختیارات رهبر نظام جمهوری اسلامی است و نظر وی در موارد مهم سیاست خارجی، فصلالخطاب است (ملکی، 39). براساس قانون اساسی و اختیارات ناشی از ولایت مطلقۀ فقیه، مقام رهبری در رأس هرم تصمیم‌گیری و سیاست‌گذاری خارجی نقش اصلی را دارا ست (دهقانی، 262). آیت‌الله خامنه‌ای از آغاز دورۀ رهبری، ضمن استمرار حرکت در مسیر سیاست خارجی مورد نظر و عمل امام خمینی سیاست خارجی جمهوری اسلامی را متناسب با تحولات بین‌المللی و جایگاه و موقعیت ایران، تنظیم کرده‌اند:
1. اصل «نه شرقی، نه غربی»: این اصل سیاسی، زیربنای مسیر اصلی سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران است. به نظر آیت‌الله خامنه‌ای این اصل نه یک سیاست، بلکه مبنا و پایۀ نظام جمهوری اسلامی (حدیث، 2/ 78؛ راهبردها، 35) و بیتالغزل سیاست خارجی جمهوری اسلامی است (همان، 49).
2. حمایت از مردم لبنان و فلسطین: رهبر انقلاب اسلامی در تبیین و اجرای عملی اصل حمایت از مستضعفان و مظلومان جهان، آن را گامی برای حرکت به سوی حیات، طیبه می‌دانند که با حاکمیت مؤمنان و مستضعفان عملی خواهد شد. یکی از مصادیق بارز مستضعفان و مظلومان در عصر حاضر، مردم ستمدیدۀ فلسطین و لبنان میباشند. ملتهای فلسطین و لبنان در دوران پس از پیروزی انقلاب اسلامی همواره مورد حمایت نظری و عملی امام خمینی بودند و این سیاست در دوران رهبری آیت‌الله خامنه‌ای نیز با قوت و وسعت بیشتری تداوم یافته است. در منظر آیت‌الله خامنه‌ای، اسلامی که ابوجهلها و ابوسفیانها از آن نترسند، اسلام نیست. اسلامی که طبقات مستضعف و محروم به آن امیدوار نباشند، اسلام نیست (بیانات، 10 /11/ 1368). آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت اولین سالگرد رحلت امام خمینی در 10 خرداد 1369 پیامی را خطاب به ملت ایران صادر کردند که از آن طریق خطمشی آیندۀ نظام جمهوری اسلامی را نیز تبیین نمودند. ازجمله محورهای این پیام، اعلام خطوط اصلی سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران بود. در این پیام مسئلۀ فلسطین به عنوان مسئلۀ اول بینالملل اسلامی مطرح شده است (سیمای ... ، 33).
آیت‌الله خامنه‌ای هدف ایران را حمایت اخلاقی، سیاسی و مالی و همچنین حمایت مستقیم از جهاد بر ضد رژیم صهیونیستی اعلام کردند (بیانات، 4/ 9/ 1369). در مسئلۀ لبنان و به‌ویژه در جنگهای 33 روزۀ لبنانیها و رژیم صهیونیستی این سیاست را اعمال نمودند که نتیجۀ آن پیروزی ملتهای لبنان و فلسطین بود (خطبه‌ها، 14/11/1390).
3. حمایت از بیداری اسلامی: بیداری اسلامی در اندیشۀ آیت‌الله خامنه‌ای دارای سابقهای قدیمی و طولانی است. ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام در 1345 ش و ادعانامهای علیه تمدن غرب در 1349 ش ــ که هر دو از آثار سید قطب است ــ مصداق عینی این مدعا ست. در دوران پس از پیروزی انقلاب اسلامی، به‌ویژه در دوران رهبری، آن را در چهارچوب اصلی دعوت در سیاست خارجی جمهوری اسلامی دنبال نمودند. ایشان در 20 بهمن 1368 به صراحت از بیداری اسلامی حمایت کردند و بازگشت مسلمانان به زندگی اسلامی را نوید دادند (خطبه‌ها). بیداری اسلامی براساس 3 اصل: بازگشت به اسلام، تحقق وحدت جهان اسلام و استکبارستیزی شکل جدیدی به خود گرفت (بیانات، 22/2/1382، 2/12/ 1389). ارائۀ الگو برای حرکتهای آزادیخواهانۀ ضداستبدادی و ضد استعماری در بیداری اسلامی ازجمله اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوران رهبری بوده است. ایشان در نخستین روزهای سال 1390 و پس از خیزش مردمی در برخی کشورهای منطقه، آن را حرکت ملتها و امت اسلامی با شعار اسلام به سمت اهداف اسلامی و نشاندهندۀ بیداری عمومی ملتها دانستند (بیانات، 1/1/1390). ایشان پدیدار شدن بیداری اسلامی در جهان اسلام را حاصل انقلاب اسلامی ایران و پیروزی ملت ایران در آن می‌دانند. رهبر انقلاب اسلامی، امام خمینی را مظهر بیداری اسلامی معرفی می‌نمایند و منطق امام خمینی در این زمینه را منطق عقل بیان می‌کنند (بیانات، 11/6/1384). ویژگی دیگر اندیشۀ بیداری اسلامی در منظر آیت‌الله خامنه‌ای پیوستگی آن در خط اعتدال آرمانگرایی اسلامی می‌باشد (صوفی، 184-185). ایشان تحقق بیداری را حتى در ملتهای غیرمسلمان قطعی می‌دانند (بیانات، 14/2/1390). ایشان با بیان عباراتی چون «بیداری ملتها» (بیانات، 22/6/ 1368)، «بیداری مردم» (بیانات، 2/1/ 1369)، «بیداری ملتهای مظلوم» (بیانات، 19/11/ 1368)، «بیداری انقلابی» (بیانات، 14/4/ 1368)، «بیداری معنوی» (بیانات، 17/7/1370)، «بیداری ایمان» (17/11/1372)، «بیداری جهانی» (بیانات، 12/ 8/1377)، تصریح کرده‌اند که بیداری تا قلب اروپا پیش خواهد رفت. در وجه دیگر، ایشان با استناد به آیات قرآن، بیداری اسلامی را تحقق وعدۀ نصرت الٰهی در نتیجۀ مقاومت آگاهانۀ امت اسلامی تلقی می‌کنند (معتمد، 61-70). رهبر انقلاب اسلامی، در تحلیل هویت اسلامیِ بیداری مردم خاورمیانه و جهان اسلام، نقطۀ ثقل آن را خواست مردمسالاری از سوی مردمی می‌دانند که در بستر اسلامی زندگی می‌کنند و میاندیشند (مرادی، 76). ایشان به تبیین آسیبهای درونی و بیرونی بیداری به طور اعم، و بیداری اسلامی به طور اخص پرداختهاند. راهکارهای ارائه‌شده از سوی ایشان برای تقویت بیداری اسلامی در بستر پدیدآمده و در مسیر درست آن عبارت‌اند از: توکل به خدا و اعتماد به او؛ آمادگی در میدان؛ عدم غفلت و غرور؛ بازخوانی اصول انقلاب؛ پرهیز از اختلافات مذهبی، قومی، قبیلهای و مرزی؛ نظامسازی و اعتماد به نسل جوان (یوسفی، 191-227).
4. عزت، حکمت و مصلحت: آیت‌الله خامنه‌ای معتقدند که عزت، حکمت و مصلحت یک مثلث الزامی برای چهارچوب ارتباطات بین‌المللی ما ست (منشور ... ، 189). دین اسلام یک دین عقلانی است و ما باید در سیاست خارجی حکیمانه و مدبرانه و از موضع عزت حرکت کنیم (راهبردها، 46). معنای عزت این است که جامعه و نظام اسلامی در هیچ یک از برخوردهای بین‌المللی خود، نباید طوری حرکت کند که منتهی به ذلت اسلام و مسلمین شود. در مورد حکمت نیز میگویند: یعنی نظام اسلامی باید حکیمانه کار کند و از روی احساسات و بی‌توجه به منافع و شرایط و بهرههایی که ما باید از رابطه با دنیا بگیریم، حرکت نکند (منشور، 183).
5. دیپلماسی انقلابی: یکی از ابزارهای اعمال و پیشبرد سیاست خارجی، دیپلماسی است. به نظر آیت‌الله خامنه‌ای دیپلماسی جمهوری اسلامی ایران باید انقلابی باشد و انقلابیگری در دیپلماسی به آن است که ما مواضع اسلامی و انقلابی را قاطعانه و بدون رودربایستی و مرعوب شدن حفظ کنیم. دیپلماسی یک جنگ است. همۀ دیپلماتها مشغول جنگ‌اند و ارزش و تأثیر آن جنگ هم در مواردی بیشتر از جنگ نظامی است (حدیث، 2/72-74). مواضع ایران در عرصه‌های دیپلماسی باید به صراحت اعلام شود (بیانات، 2/5/1374). دیپلماسی ابزار کارآمد اقتدار نظام سیاسی و دست توانای حل مشکلات کشور است. این دیپلماسی باید در مسیر آرمانهای نظام اسلامی باشد (راهبردها، 88- 89). در مقابل، دیپلماسی منفعل را بدترین نوع دیپلماسی می‌دانند که دیپلماسی جمهوری اسلامی ایران به‌شدت باید از آن پرهیز کند (بیانات، 25/5/ 1379).
از دیگر محورهای مورد نظر آیت‌الله خامنه‌ای در سیاست خارجی می‌توان به توسعۀ دیپلماسی کیفی، ایجاد و توسعۀ رابطه با ملتها در کنار رابطه با دولتها، توسعۀ روابط با افریقا، به‌ویژه توسعۀ روابط اقتصادی، تنشزدایی، مجموعهسازی در سیاست خارجی، مثل تشکیل سازمانهای همکاری منطقه‌ای، تغییر اولویتها براساس منافع ملی، اعلام مواضع اسلامی در جهان، پرهیز از ضعف و نرمش در مقابل استکبار، جدی گرفتن تهدیدات، رصد هوشمندانۀ حوادث اشاره کرد (راهبردها، 23، 30، 38- 39، 42-43، 46، 55، 58، 96).
6. رابطه با آمریکا: در دوران رهبری آیت‌الله خامنه‌ای، یکی از موضوعات مهم در سیاست خارجی رابطه با آمریکا بوده است. آیت‌الله خامنه‌ای در نخستین ماههای انتخاب به مقام رهبری انقلاب اسلامی صریحاً اعلام کردند ما تا زمانی که آمریکا سیاستهای زور، ظلم و خصومت را با جمهوری اسلامی ایران در پیش گیرد و از دشمنان ایران حمایت کند و روشهای غلط خود را اصلاح نکند، با آن کشور رابطه برقرار نخواهیم کرد (بیانات، 31/5/ 1368، 13/ 8/1372). به نظر ایشان رابطه و مذاكره با دولت آمريكا، به حال ملت ايران هيچ فايده‌ای ندارد، زیرا هیچ صداقتی در گفتار و رفتار آنان وجود ندارد (خطبه‌ها، 26/10/1376). مهم‌ترین مسئله در رابطۀ ایران و آمریکا ارتباط آن به رژیم صهیونیستی است و تا زمانی که مبارزه با این رژیم ادامه دارد امکان برقراری رابطۀ برابر و دوسویه با آمریکا وجود ندارد و یا بسیار سخت است (بیانات، 12/ 8/ 1378). آیت‌الله خامنه‌ای معتقدند که مذاكره با آمريكا در هر يك از قضايايی كه اين دولت در آن برای خودش ايده و منفعتی تعريف كرده است، هيچ فايده‌ای ندارد، زیرا این کشور مستكبر است و تسليم نمی‌شود (بیانات، 8/ 8/1380). رهبر انقلاب اسلامی مبنائاً به مذاكره معتقدند؛ اما در مذاكره برای رسيدن به يك قدر مشترك، دو طرف بايد همديگر را قبول داشته باشند؛ يك حد وسطی هم وجود داشته باشد؛ مذاكره كنند تا به اين حد وسط برسند. به نظر ایشان مذاكره بايد از موضع قدرت و قوّت باشد. كسانی كه در شرايط تهديد به فكر مذاكره می‌افتند، ضعف خودشان را با صدای بلند اعلام می‌كنند. اين حركتِ بسيار غلطی است (بیانات، 27/12/1380). آیت‌الله خامنه‌ای هیچ وقت به مذاکره با آمریکا خوشبین نبودهاند و معتقد بوده‌اند که اختلافات ایران وآمریکا بر سر مسائل ماهیتی و اساسی انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی است و دولت آمريكا صريحاً با نظام اسلامی، هويت اسلامی و ايمان اسلامیِ مردم ما اعلام مخالفت كرده است. علتش اين است كه اسلام موجب شده تا اين ملت در مواضع خود مستقر و ثابت باشد و پابرجا بايستد و تسليم آنها نشود (بیانات، 11/2/1381). رهبر انقلاب اسلامی میگویند هرگز نگفتيم ما تا ابد با آمریکا قطع رابطه خواهيم کرد. هيچ دليلی ندارد كه تا ابد قطع رابطه با هر كشوری، با هر دولتی داشته باشيم. مسئله اين است كه شرایط اين دولت به گونه‌ای است كه رابطۀ با او برای ما ضرر دارد. انسان رابطه را با هر كشوری به دنبال تعريف يك منفعتی ايجاد میكند. آن روزی كه رابطه با آمريكا مفيد باشد، اول كسی كه بگويد رابطه را ايجاد بكنند، خود بنده هستم (بیانات، 13/10/1386). آیت‌الله خامنه‌ای معتقدند که مرکز توطئهها برضد نظام جمهوری اسلامی در 3 دهۀ گذشته، آمریکا بوده است. با این حال، برای اثبات ماهیت آنها با مذاکرۀ مستقیم با مقامات آمریکایی موافقت کردند (بیانات، 1/1/1392).
7. پروندۀ هسته‌ای: سیاست رهبری انقلاب اسلامی در پروندۀ هسته‌ای پافشاری بر موضع برحق جمهوری اسلامی ایران است. آیت‌الله خامنه‌ای ضمن حرام دانستن تولید و استفاده از سلاح هسته‌ای، همواره بر خلع سلاح هسته‌ای فراگیر و جهانشمول و اجرای کامل مفاد معاهدۀ منع تکثیر سلاحهای هسته‌ای (ان. پی. تی) تأکید کرده‌اند (پیامها، 28/1/ 1389؛ بیانات، 1/1/1384). نرمش قهرمانانه از آخرین تعبیرهای رهبری انقلاب در مورد پروندۀ هسته‌ای است. ایشان در تبیین این عبارت میگویند نرمش قهرمانانه به معنای مانور هنرمندانه برای دست يافتن به مقصود است؛ به معنای اين است كه سالك راه خدا ــ در هر نوع سلوكی ــ به سمت آرمانهای گوناگون و متنوع اسلامی كه حركت میكند، به هر شكلی و به هر نحوی هست، بايد از شيوه‌های متنوع برای رسيدن به مقصود استفاده كند (بیانات، 29/ 8/1392). نرمش قهرمانانه یعنی قدرت مانور بین «اقتدار» و «انعطاف» ذیل 3 اصل عزت، حکمت و مصلحت. رهبر انقلاب همچنين در طول مدت مذاکره تلاش داشتند تا ضمن تأکید بر حقوق هسته‌ای ايران، خطوط قرمز جمهوری اسلامی را نيز ترسيم كنند. خطوط قرمز وضع‌شده نه‌تنها به چراغ راهنمای تیم مذاکره‌کنندۀ هسته‌ای تبدیل شد، بلکه به مثابۀ حصاری بود که طرفهای غربی را نیز از نزدیک شدن به این موضوعات باز داشت. این رویکرد رهبری باعث شد تا تیم مذاکره‌کنندۀ ایران با اطمینان خاطر نقش فعال‌تر و پرتحرکتری در مذاکرات داشته باشند.
د ـ اقتصاد
آیت‌الله خامنه‌ای در شرایطی به مقام رهبری انقلاب اسلامی انتخاب شدند که هنوز کشور از بحرانهای اقتصادی و سیاسی، ناشی از جنگ تحمیلی، خارج نشده بود و بهطور جدی نیازمند اقدامات اساسی برای بازسازی خرابیهای ناشی از جنگ و سازندگی در زمینۀ امور زیربنایی بود. در این مقطع، اختلاف‌نظرهای موجود در میان گروهها و شخصیتهای سیاسی، پیرامون سیاستهای اقتصادی کشور که از دهۀ اول انقلاب اسلامی آغاز شده بود، همچنان ادامه داشت و مواضع اقتصادی افراد و گروهها دستکم در دو دیدگاه اصلی مطرح بود: دیدگاه اول، متعلق به طرف‌داران اقتصاد دولتی بود که در آن همچنان بر ریاضت اقتصادی و سیاستهای کنترلی دوران جنگ، تأکید می‌شد. دیدگاه دوم، متعلق به مخالفان تصدیگری دولت در اقتصاد بود. آنها بر این عقیده بودند که زمان تکیه بر سیاستهای دولتی پایان یافته است و باید با خصوصی‌سازی و وارد کردن بخش خصوصی به فعالیتهای اقتصادی و جذب سرمایه‌های خارجی، به توسعۀ اقتصادی دست یافت (شادلو، 158- 159).
1. اصول و اولویتهای اقتصادی آیت‌الله خامنه‌ای: اندیشۀ اقتصادی آیت‌الله خامنه‌ای در دوران رهبری دارای سیر مشخصی بوده، و از اصول ثابتی پیروی نموده است. رویکرد اقتصادی ایشان در مجموع بر لزوم پیشرفت و توسعۀ کشور به همراه عدالت اقتصادی با در نظر داشتن ارزشها و اصول اسلامی، مبتنی بوده است. ایشان بر این اساس بر این‌گونه محورها تأکید داشته‌اند: لزوم برنامه‌ریزی برای پیشرفت کشور، عدالت اجتماعی، توجه به محرومان، مبارزه با مفاسد اقتصادی، پرهیز از اسراف و اشرافی‌گری، مبارزه با قاچاق کالا، تقویت تولید داخلی، خودکفایی در بخش کشاورزی، اهتمام به بخش صنعت و اشتغال، اقتصاد منهای نفت، انضباط اقتصادی و مالی، دریافت مالیات، اهتمام به حفظ ارزش پول ملی، مقابله با تورم و گرانی، توجه به سرمایه‌گذاری خارجی، سازندگی و نقد نظام سرمایه‌داری (منشور، 97- 98).
2. راهبردهای اقتصادی آیت‌الله خامنه‌ای:
الف) توصیه‌ها و رهنمودها به مسئولین اجرایی: اصول و محورهای اشاره‌شده منجر به جامعیت برنامه‌های کلان و راهبردهایی شده است که طی چند سال گذشته در مقاطع مختلف، در قالب اسناد بالادستی نظام به دستگاههای اجرایی کشور ابلاغ شده است. راهبردهای اقتصادی رهبر انقلاب اسلامی را می‌توان در دو قالب راهبردهای نظری و راهبردهای عملی مورد توجه قرار داد: راهبردهای نظری، در سخنرانیها، توصیه‌ها و مواضع، و راهبردهای عملی در سیاستهای کلی و ابلاغیه‌های رسمی سیاستهای اقتصادی بیان شده است. این راهبردها با وجود سیاستهای متفاوت اقتصادی دولتها، در سخنان، پیامها و ابلاغیه‌هایی به فراخور شرایط و ویژگیهای هر دولت، مد نظر بوده‌اند. در عین حال، ایشان انحراف در سیاستها، برنامه‌ها و عملکردها از مسیر فوق را نیز با ارائۀ توصیه‌ها و تذکراتی یادآوری کرده‌اند. به عنوان نمونه، در دوره‌ای که بر سازندگی و توسعۀ اقتصادی تأکید می‌شد، ایشان نیز سازندگی را در کنار حفظ روحیۀ انقلابی، تأمین عدالت اجتماعی، پرهیز از رفاه‌زدگی، مادی‌گرایی، اشرافیت و اسراف مطرح می‌نمودند (حدیث، 7/ 168- 171). همچنین در دوره‌ای که اولویت دولت بیشتر متوجه مسائل سیاسی بود تا اقتصادی، ایشان با ابلاغ راهبردهای اقتصادی، دولت را به سمت برنامه‌ریزی صحیح اقتصادی جهت رفع مشکلات موجود ازجمله اشتغال، حفظ ارزش پول ملی و مبارزه با تورم و مفاسد اقتصادی هدایت می‌نمودند (بیانات، 2/6/ 1378). در دولتهای نهم و دهم که شعار گسترش عدالت اجتماعی مطرح شد، پرهیز از شتابزدگی و لزوم برنامه‌ریزی صحیح و توجه به الگوی اسلامی ـ ایرانی پیشرفت را برای رسیدن دولت به اهداف خود متذکر شدند. در مجموع مسائلی چون عدالت اجتماعی، توجه به قشرهای آسیب‌پذیر، ضرورت صرفه‌جویی و پرهیز از اسراف، مبارزه با فساد اقتصادی و لزوم برنامه‌ریزی برای پیشرفت کشور همواره از دغدغه‌های اصلی ایشان در دوره‌های مختلف بوده است.
یکی از دغدغه‌های آیت‌الله خامنه‌ای آشنایی با مشکلات گوناگون در شهرهای مختلف کشور و بررسی آنها بوده است و بدین جهت، در طول دوران رهبری خود به همۀ استانهای کشور سفر کرده‌اند که هر یک منجر به تصمیمات و برنامه‌هایی به منظور رفع مشکلات مختلف استانهای کشور، ازجمله مشکلات اقتصادی شده است.
دیدگاههای اقتصادی آیت‌الله خامنه‌ای، برخاسته از نگاه دینی و برگرفته از اهداف و ارزشهای انقلاب اسلامی و خصوصاً اولویتهای مطرح‌شده از جانب امام خمینی بوده است. از جملۀ آنها می‌توان به این نکات اشاره کرد: حمایت از قشرهای ضعیف، لزوم توجه به عدالت اجتماعی، پرهیز از اسراف و مصرف‌گرایی در بین مردم و مسئولان، ضرورت استقلال اقتصادی، تأکید بر تسریع در سازندگی و پیشرفت کشور، پیگیری و حرکت در جهت اهداف اولیۀ انقلاب اسلامی و آموزه‌های امام خمینی، تأکید مضاعف بر ضرورت برنامه‌ریزی در امور کشور و پرهیز از تصمیمات مقطعی و عجولانه در مسائل مختلف، خصوصاً اقتصاد. همچنین، لزوم هماهنگی و آمیختگی راهبردهای اقتصادی با هویت ملی و آموزه‌های دینی نیز همواره از سوی ایشان توصیه شده است تا جایی که ایشان توسعۀ اقتصادی به معنای رشد مادی، بدون توجه به معنویات و اخلاق را کم‌ارزش دانسته‌اند.
ب) تعیین چهارچوب برای اسناد بالادستی و راهبردی: چهارچوب اصلی برنامه‌های میان‌مدت و بلندمدت راهبردی کشور به عنوان اسناد بالادستی نظام که با هدف اصلاح و سامان‌دهی وضعیت اقتصادی کشور تدوین شده‌اند، توسط رهبر انقلاب اسلامی تعیین شده است. ازجمله مهم‌ترین برنامه‌های راهبردی می‌توان به این موارد اشاره کرد: برنامه‌های پنج‌سالۀ توسعۀ کشور، سیاستهای کلی نظام جمهوری اسلامی در عرصه‌های مختلف، فرمان هشت ماده‌ای مبارزه با مفاسد اقتصادی، چشم‌انداز بیست‌سالۀ کشور، سیاستهای کلی اصل 44 قانون اساسی، اعلام مؤلفه‌های دهۀ پیشرفت و عدالت و اقتصاد مقاومتی. از سیاستهای اقتصادی مورد نظر آیت‌الله خامنه‌ای می‌توان به این موارد اشاره کرد: كمك به طبقات محروم و نزدیک شدن به عدالت اجتماعی؛ رونق اقتصادی و تلاش برای سازندگی به عنوان مقدمۀ عدالت اجتماعی (نامه به حجت‌الاسلام و المسلمين هاشمی رفسنجانی جهت تعيين چهارچوب سياستهای نظام در برنامۀ دوم، 18/ 8/1372)؛ افزايش بهرهوری ملی؛ گسترش هرچه بيشتر صادرات غير‌نفتی به منظور كاهش اتكای اقتصاد به نفت؛ انتخاب سياستهای محوری از قبيل كشاورزی و بینيازی نسبی از ديگران در تأمين امنيت غذايی جامعه؛ ايجاد زمينههای اشتغال با توجه به استعدادها و ظرفيتهای طبيعی و جغرافيايی كشور؛ تأمين امنيت كامل برای سرمايهگذاری مشروع؛ جلوگيری از پيدايش فساد، ارتشاء، انحصار و ثروتهای حرام (پيام به رئيس مجمع تشخيص مصلحت نظام برای رسيدگی به موارد پيشنهادی دولت، 19/1/ 1378)؛ اقدامات اساسی برای تدويـن الگوی تـوسعۀ ايرانی ـ اسلامی با هدف رشد و بالندگی افراد بر مدار حق و عدالت و دستيابی به جامعه‌ای متكی بر ارزشهای اسلامی و انقلابی و تحقق شاخصهای عدالت اجتماعی و اقتصادی، توسط قوای سهگانه (ابلاغ سياستهای كلی برنامۀ پنجم توسعه توسط رهبر معظم انقلاب، 21/10/1387)؛ ايجاد رفاه عمومی و رونق اقتصادی و زمينهسازی برای عدالت اقتصادی و از بين‌بردن فقر در كشور؛ يكسان و عادلانه‌بودن شرايط فعاليت اقتصادی برای بخشهای دولتی، تعاونی و خصوصی، در شرايط عادی؛ بهينهسازی مصرف؛ جايگزينی صادرات فراوردههای نفت و گاز و پتروشيمی به جای صدور نفت خام و گاز طبيعی؛ ايجاد تنوع در منابع انرژی كشور و تلاش برای كسب فناوری و دانش هسته‌ای و ايجاد نيروگاههای هسته‌ای (نامه به سران قوای سهگانه و ابلاغ سياستهای كلی نظام، 20/1/ 1379)؛ مبارزه با مفاسد اقتصادی، مقابله با مفسدان و سوءاستفادهكنندگان از امكانات حكومتی در قالب فرمان هشتمادهای؛ سپردن كار به افراد مطمئن و برخوردار از سلامت و امانت؛ شناسایی نقاط آسيبپذير در فعاليتهای اقتصادی دولتیِ كلان؛ عدم تبعیض و عدم رفتار شعاری و تبليغاتی و تظاهرگونه در امر مبارزه با فساد در قالب فرمان هشتمادهای (به سران قوا، 10/2/1380)؛ تأکید بر ضرورت تدوین برنامۀ چشم‌انداز بیست‌سالۀ جمهوری اسلامی ايران در افق 1404 هجری شمسی و ابلاغ برنامۀ تدوین‌شده در این زمینه به سران قوای سهگانه در 13 آبان 1382 (ابلاغ سند چشم‌انداز بیست ساله، 13/ 8/1382)؛ ابلاغ سیاستهای کلی اصل 44 قانون اساسی. سیاستهای محوری این ابلاغیه عبارت بودند از: شتاب بخشيدن به رشد اقتصاد ملی؛ گسترش مالكيت در سطح عموم مردم به منظور تأمين عدالت اجتماعی؛ ارتقاء كارايی بنگاههای اقتصادی؛ و بهرهوری منابع مادی، انسانی و فناوری، افزايش رقابتپذيری در اقتصاد ملی؛ افزايش سهم بخشهای خصوصی و تعاونی در اقتصاد ملی؛ كاستن از بار مالی و مديريتی دولت در تصدی فعاليتهای اقتصادی؛ افزايش سطح عمومی اشتغال؛ تشويق قشرهای مردم به پسانداز و سرمايهگذاری و بهبود درآمد خانوارها (ابلاغ سياستهای كلی اصل 44 قانون اساسی، 2/2/1384).
از دیگر اقداماتی که به نوعی خط‌مشی‌گذاری سالیانه در زمینه‌های مختلف سیاسی، اقتصادی و فرهنگی محسوب می‌شود، نامگذاری هر سال بنا بر اولویتهای نیاز کشور بوده است. این نامگذاری که در اول هر سال و در پیام نوروزی ایشان اعلام شده است، در واقع خود به نوعی بیان مسائل و اولویتهای کشور با هدف جلب اذهان مسئولان و مردم برای برنامه‌ریزی در سطح خرد و کلان بوده است. مهم‌ترین مسائل اقتصادی که طی این سالها در پیامهای نوروزی مد نظر ایشان بوده است، عبارت‌اند از: پرهیز از اسراف و مصرف‌گرایی، (1371 ش)، انضباط اقتصادی و مالی (1384 ش)، مبارزه با اسراف (1375 ش)، پرهیز از اسراف (1376 ش) ضرورت صرفه‌جویی مردم و دولت (1377 ش)، ضرورت رفع گرانی و فشارهای اقتصادی بر مردم (1378 ش)، ضرورت حل مشکلات معیشتی مردم (1379 ش)؛ برنامه‌ریزی برای اشتغال، (1380 ش)؛ ایجاد اشتغال و مبارزه با فساد (1381 ش)، برنامه‌ریزی برای بنای یک جامعۀ برخوردار از رفاه (1386 ش)، اصلاح الگوی مصرف (1388 ش)، همت مضاعف و کار مضاعف (1389 ش)، جهاد اقتصادی (1390 ش)، توليد ملی، حمايت از كار و سرمايۀ ايرانی (1391 ش)، و حماسۀ سیاسی و حماسۀ اقتصادی (1392 ش) اشاره نمود (پایگاه، بش ).
همچنین یکی از مهم‌ترین مسائل اقتصادی که در 1391 ش، نظام با آن مواجه شد، تشدید تحریمهای اقتصادی از سوی کشورهای غربی خصوصاً آمریکا با هدف تحت فشار قرار دادن جمهوری اسلامی ایران در مسیر هسته‌ای‌شدن بود. در این میان، یکی از راهکارهایی که آیت‌الله خامنه‌ای برای کاهش فشارهای ناشی از این تحریمها، هم‌زمان با حرکت عادی کشور به سمت توسعه و پیشرفت اعلام کردند، سیاست «اقتصاد مقاومتی» بود. ایشان اقتصاد مقاومتی را به معنای حصار كشيدن دور خود و انجام دادن كارهای تدافعی نمی‌دانند، بلکه آن را اقتصادی می‌دانند كه در شرایط فشار، تحريم، دشمنی و خصومت شديد، تضمين‌كنندۀ رشد و شكوفایی كشور است (بیانات، 16/ 5/1391). از این رو، اقتصاد مقاومتی را، تنها راه ادامۀ روند پیشرفت كشور دانستند. برخی از مؤلفه‌های این سیاست از این قرار است: استفاده از همۀ ظرفیتهای بخشهای دولتی و غیردولتی، اهتمام جدی به حل مشكلات معیشتی مردم، مبارزه با مفاسد اقتصادی، حمایت از تولید ملی و مبارزه با اسراف (بیانات، 2/6/1392).
یکی از موضوعات مهمی که آیت‌الله خامنه‌ای مطرح و تبیین کرده‌اند سبک زندگی است. ایشان سبک زندگی را متناسب با نگاه اسلام و در ارتباط با بازآفرینی تمدن اسلامی مطرح کردند. به نظر ایشان نوع زندگی انسان مسلمان ایرانی باید بتواند خصلتهای والای انسانی را ایجاد کند تا ارتباط دلها با خدا برقرار و محفوظ بماند (بیانات، 18/2/1392).
ه ـ فرهنگ
آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از شخصیتهای برجستۀ فرهنگی کشور، فرهنگ را همواره جزو اساسی‌ترین مسائل کشور به شمار آوردهاند (بیانات، 9/12/ 1379) و مردم و مسئولان را به هوشیاری و چارهاندیشی برای حفظ استقلال فرهنگی که صیانت از آن از همۀ جنبه‌های استقلال سختتر است، فرا خواندهاند (بیانات، 20/ 9/1370). رهبر معظم انقلاب اسلامی معتقدند که فرهنگ و باورهای ملی یک ملت عامل اصلی هویت، پویایی و حیات آن است و با تکیه بر آن می‌توانند در مسیر پیشرفت و توسعه گام بردارند. به همین سبب، در طول تاریخ، استعمار برای غلبه بر ملتها، سعی کرده است بنیانهای فرهنگی آنان را از بین ببرد (بیانات، 11/7/ 1369، 21/5/1371).
مفاهیمی چون انقلاب فرهنگی، تحول فرهنگی و بازگشت به فرهنگ دینی در مواضع و رهنمودهای رهبر انقلاب اسلامی مکرر مطرح شده است و ایشان همواره نسبت به تهاجم فرهنگی، جنگ نرم، ناتوی فرهنگی و شبیخون فرهنگی که ضربۀ فرهنگی دشمن به فرهنگ انقلاب اسلامی است، هشدار داده‌اند. در حوزۀ داخلی نیز، صیانت از فرهنگ اسلامی از آسیبهای احتمالی ناشی از کارکرد گفتمانهای حاکم بر دولتهای جمهوری اسلامی ایران، بخش دیگری از اقدامات رهبر انقلاب اسلامی در ارتباط با مقولۀ فرهنگ بوده است. با توجه به ناکامی دشمنان نظام جمهوری اسلامی در جبهۀ نظامی در طول جنگ تحمیلی، در سالهای پس از پایان جنگ، جنگ نرم و تهاجم فرهنگی به راهبرد اصلی برای مقابله با انقلاب اسلامی تبدیل شد که آیت‌الله خامنه‌ای برای نشان‌دادن وسعت و اهمیت آن، از آن به عنوان شبیخون فرهنگی و ناتوی فرهنگی نام بردند. در منظر آیت‌الله خامنه‌ای فرهنگ و مسائل فرهنگی از مسائل اقتصادی، صنعتی، کشاورزی و جز آن مهمتر است؛ زیرا همۀ اینها بدون اهتمام به مسائل فرهنگی ناکام میماند (فرهنگ: مسائل ... ، 23) و فرهنگ در رشد و شکوفایی همۀ امور جامعه تأثیر دارد (حدیث، 2/41). به نظر آیت‌الله خامنه‌ای استقلال یک ملت به‌جز با استقلال فرهنگی تأمین نمی‌شود (همان، 3/61)، زیرا سلطۀ واقعی قدرتها، سلطۀ فرهنگی است (همان، 4/50-51).
دیدگاهها و اقدامات رهبر انقلاب اسلامی در عرصۀ فرهنگ شامل این موارد است: الف ـ تبیین مواضع و رهنمودهایی در مورد تهدیدات و آسیبهای فرهنگی که جامعۀ اسلامی را هدف گرفته است. ایشان از این تهدیدات با عناوینی چون «تهاجم فرهنگی»، «شبیخون فرهنگی»، «غارت فرهنگی»، «ناتوی فرهنگی» و «تهدید نرم» به فراخور شرایط استفاده کرده، و هرکدام را به وضوح تبیین کرده‌اند. ب ـ تبیین مواضع و رهنمودهایی در مورد وضعیت موجود که به دلیل عدم توجه و یا غفلت از آسیبها و تهدیدهای فرهنگی پیش آمده است. ایشان در این باره عباراتی چون «غربگرایی»، «غربزدگی»، «تجملگرایی»، «مصرف‌گرایی»، «استحالۀ فرهنگی» و «جمود فرهنگی» را به مقتضای زمان مطرح و تبیین کرده‌اند. ج ـ تبیین مواضع و رهنمودهایی در مورد طراحی، برنامه‌ریزی و مدیریت فرهنگی جامعه برای برونرفت از وضعیت نامناسب فرهنگی و رسیدن به الگوی مناسب و متناسب با یک جامعۀ واقعاً اسلامی. در این مورد هم عبارات و مفاهیمی چون «مهندسی فرهنگی»، «الگوی ایرانی ـ اسلامی پیشرفت»، «سبک زندگی» و جز آن، مطرح گشته و برای تحقق آن پیگیری و سعی شده است (پایگاه، بش ).
آیت‌الله خامنه‌ای به کتاب و کتابخوانی نیز توجه قابل ملاحظهای داشته‌اند. بازدید از نمایشگاههای کتاب همراه با دقت و بحث و بررسی، مطالعه و حتى یادداشتنویسی روی برخی از مهم‌ترین آنها، شرکت در همایشها و نمایشگاههای قرآنی، بازدید از اماکن فرهنگی و مذهبی، دیدارها و جلسات مستمر با شعرا، نویسندگان، اهل قلم، اصحاب رسانه، فیلمسازان، هنرمندان، نهادها، مؤسسات و شخصیتهای فرهنگی، دانشجویان، طلاب علوم دینی، استادان حوزه و دانشگاه بخش دیگری از توجه ایشان به عرصۀ فرهنگ است.
1. هنـر: آیت‌الله خامنه‌ای هنر را فاخرترین و ارزشمندترین قسمت جان انسانی (بیانات، 1/5/1380) و بهترین وسیله و ابزار برای انتقال مفاهیم می‌دانند (بیانات، 1/ 8/1370). ایشان هنر را عطیۀ الٰهی و زبان رسا برای خدمت به انقلاب و اسلام و ابزاری مؤثر برای تعالی افکار مردم می‌دانند و به هنرمندان توصیه می‌کنند که هنر را با حفظ تعالی آن، به میان مردم ببرند و در ذهن و دل آنها وارد کنند و مانع آمیختگی آن با مظاهر زیان‌بار فرهنگ بیگانه شوند (حدیث، 1/290).
ایشان بر این باورند که هنرمند حقیقت را بهتر و زودتر از دیگران میفهمد و هنر حقیقی در کشور ما جایگاه رفیعی دارد و می‌تواند فکر صحیح و تفکر انقلاب و تفکر توحیدی را بر فضای جامعه مسلط کند و به تعمیق آن بپردازد (همان، 2/313-315). انقلاب وقتی می‌تواند خودش را در قالب هنر بیاورد که هنرمند خودی داشته باشد. به نظر ایشان اسلام با هنر آغاز می‌شود و قرآن یک اثر هنری فوق بشری است (بیانات، 15/7/1370). رهبر انقلاب اسلامی در تبیین هنر صحیح، هنر برای هنر را رد می‌کنند و معتقدند که هنر باید در خدمت هدفی باشد. بر این مبنا، هدف هنر در نظام جمهوری اسلامی ایران را انعکاس و تبیین مقدسات و ارزشهای والای اسلام و انقلاب اسلامی می‌دانند (بیانات، 29/ 8/1370).
در تبیین وجه دیگری از هنر، آن را توان و تعبیر رسایی از تخیلات ظریف انسانی می‌دانند و میگویند: اگر هنر نبود، بسیاری از مافیالضمیر انسان، ناگفته و توصیفنشده باقی میماند (بیانات، 14/11/1376). آیت‌الله خامنه‌ای زبان هنر را رساتر از زبان علم و موعظه می‌دانند و یکی از رازهای موفقیت قرآن را هنری بودن آن معرفی می‌کنند (بیانات، 7/2/1377). هنر دینی را آن هنری می‌دانند که بتواند معارفی را که همۀ ادیان الٰهی، به‌ویژه دین مبین اسلام به نشر آن در بین انسانها همت گماشته، و جانهای پاکی در راه نشر حقایق آن نثار شده است، نشر دهد و در اذهان ماندگار سازد. همچنین، هنر دینی را مجسمکننده و ارائهکنندۀ آرمانهای دین اسلام میداند که سعادت انسان، حقوق معنوی انسان، اعتلای انسان، تقوا و پرهیزگاری انسان و عدالت جامعۀ انسانی را تأمین کند (بیانات، 1/5/1380). بر این مبنا، ایشان هنر را بهترین وسیله برای تبلیغ می‌دانند (بیانات، 17/4/1377).
همچنین، رهبر انقلاب اسلامی شعر را یکی از شعب ممتاز هنر میشناسند (بیانات، 22/12/ 1375). جهتگیریهای کلی و نقاط تأکید رهنمودهای ایشان در مورد هنر عبارت‌اند از: جایگاه والای هنر، نقش هنر در نشر ارزشها، ارائۀ طریق به هنرمندان انقلابی، اهمیت هنر دفاع مقدس، آسیبشناسی هنر انقلاب، جایگاه هنر در ارتقا و تعالی جامعه، لزوم قرار گرفتن هنر در خدمت معنویت، هنر دینی و هنر متعهد ( از تهاجم ... ، 11-15).
2. زبان فارسی: آیت‌الله خامنه‌ای در مورد اهمیت و جایگاه زبان فارسی معتقدند که هرکس به معارف بشری علاقه‌مند باشد، باید برای زبان فارسی ارج و مرتبتی خاص قائل باشد، زیرا این زبان پرظرفیت، شیرین، رسا، و زیبا توانسته است بخش عظیمی از مناطق جغرافیایی جهان را تحت تسلط و سیطرۀ معنوی خود درآورد و با نفوذ معنوی، کارایی، شیوایی و قدرت بلاغت خود در دل ملتها جا باز کند و برای آنان فرهنگ، دین، معرفت و تمدن به ارمغان بیاورد. به نظر ایشان ارج و مقام دیگر زبان فارسی در این است که جایگاه مهم و وزینی در گسترش اسلام و تمدن اسلامی داشته است. زبان فارسی آهنگ موسیقیایی زیبایی دارد و از انعطاف، روانی و کشش بسیار بالایی برخوردار است. این زبان دلنشین و به دور از خشونت است (بیانات، 12/12/1377).
و ـ علم و فناوری
میزان تولید علم و بهره‌مندی از فناوری و تجاریسازی علم بهطور مکرر و مؤکد از سوی آیت‌الله خامنه‌ای مطرح گردیده است. ایشان به اهمیت و جایگاه علم، توسعۀ علمی، جنبش نرم‌افزاری، تحول در علوم انسانی، کرسیهای آزاداندیشی و ... در حوزۀ نظری و عملی توجه نشان داده‌اند و آن مفاهیم را تبیین کرده‌اند و سعی کرده‌اند جامعۀ علمی را به آن سوی سوق دهند. ایشان اهمیت این موضوع را بیش از هر زمانی هنگام طراحی برنامه‌های راهبردی کشور، مورد تأکید قرار داده‌اند.
1. جایگاه توسعۀ علمی و پژوهشی در اسناد بالادستی: تهیۀ نقشۀ جامع علمی‌کشور به عنوان یکی از سندهای بالادستی نظام برای توسعۀ علمی کشور مورد اهتمام ایشان بوده است (بیانات، 23/5/ 1385، 12/6/1376). جایگاه علم و فناوری، در سیاستهای کلان کشور که چهارچوب اصلی آن از سوی رهبر معظم انقلاب تعیین و ابلاغ شده، اهمیتی دوچندان یافته است، به‌گونه‌ای که در سیاستهای کلی برنامه‌های سوم، چهارم و پنجم توسعۀ کشور مورد توجه ویژه قرار گرفته است. ایشان در سیاستهای کلی برنامۀ سوم توسعه، بر توجه به پرورش و شکوفایی استعدادها، تشویق خلاقیت و نوآوری علمی و تقویت امر پژوهش و بالا‌بردن توان علمی و فناوری کشور تأکید نموده‌اند (ابلاغ سیاستهای کلی برنامۀ سوم، 1/3/ 1378). همچنین در سیاستهای کلی برنامۀ چهارم بر این موارد تأکید کرده‌اند: سازمان‌دهی و بسیج امکانات و ظرفیتهای کشور در جهت افزایش سهم کشور در تولیدات علمی جهان؛ تقویت نهضت نرم‌افزاری؛ کسب فناوری، به‌ویژه فناوریهای نو شامل ریزفناوری، فناوریهای زیستی، اطلاعات و ارتباطات زیست‌محیطی، هوا ـ فضا، تقویت امنیت ملی با تأکید بر رشد علمی و فناوری (ابلاغ سیاستهای کلی برنامۀ چهارم، 11/ 9/1382). نیز در سیاستهای کلی برنامۀ پنجم بر موضوعاتی چنین تأکید ورزیده‌اند: تحول در نظام آموزش عالی و پژوهش؛ افزایش بودجۀ تحقیقات و پژوهش؛ دستیابی به جایگاه دوم علمی و فناوری در منطقه و تثبیت آن در برنامۀ پنجم؛ ارتباط مؤثر بین دانشگاهها و مراکز پژوهشی با صنعت؛ توانمندسازی بخش غیردولتی برای مشارکت در تولید علم و فناوری؛ دستیابی به فناوریهای پیشرفتۀ مورد نیاز؛ تحول در نظام آموزش و پرورش؛ تحول و ارتقای علوم انسانی از طریق تقویت جایگاه و منزلت این علوم، جذب افراد مستعد و با انگیزه، اصلاح و بازنگری در متون و برنامه‌ها و روشهای آموزشی؛ ارتقای کمی و کیفی مراکز و فعالیتهای پژوهشی و ترویج نظریه‌پردازی، نقد و آزاداندیشی؛ گسترش حمایتهای هدفمند مادی و معنوی از نخبگان و نوآوران علمی و فناوری (ابلاغ سیاستهای کلی برنامۀ پنجم توسعه، 21/10/1387).
در ابلاغیۀ سیاستهای کلی نظام اداری، بر ضرورت دانش‌گرایی در نصب و ارتقای مدیران، ایجاد زمینۀ رشد معنوی منابع انسانی و بهسازی و ارتقای سطح دانش، تخصص و مهارتهای آنان، توسعۀ نظام اداری الکترونیک و فراهم‌آوردن الزامات آن به منظور ارائۀ مطلوب خدمات عمومی، دانش‌بنیان کردن نظام اداری از طریق به‌کارگیری اصول مدیریت علمی و یک‌پارچه‌سازی اطلاعات با تکیه بر ارزشهای اسلامی تأکید نموده‌اند (ابلاغ سیاستهای کلی نظام اداری، 31/1/ 1389).
2. توسعۀ علمی: آیت‌الله خامنه‌ای مسئلۀ علم را جزو اولویتهای درجۀ اول کشور اعلام نموده‌اند (بیانات، 22/ 8/1381) و کوشش در میدان علم را نوعی جهاد در راه خدا دانسته‌اند (بیانات، 6/12/1381). دغدغۀ اصلی ایشان اهمیت دادن به علوم پایه و محض، پژوهش و فراهم آوردن بستر مناسب برای رشد علمی و فکری بوده است (بیانات، 3/7/1381). ایشان پیشرفت کشور را نیز منوط به توجه به علم می‌دانند و معتقدند که همۀ راههای پیشرفت کشور، منتهی به پیشرفت علمی است. پیشرفت علمی، باعث پیشرفت فناوری شده و پیشرفت فناوری هم کشور را رونق می‌دهد (بیانات، 11/ 9/1383). از نظر ایشان علم در یک ملت عزت نفس و اعتماد به نفس می‌آفریند و این موجب می‌شود که این ملت کارهای بزرگ انجام دهد و در میدانهای دشوار قدم گذارد (بیانات، 17/10/1383). با اقتدار علمی است که یک ملت می‌تواند سخن خود را به گوش جهانیان برساند و سیاست برتر و دست بالا و والا را در دنیای سیاسی حائز شود (بیانات، 29/10/1384). ایشان پیشرفت کشور، عزت و هویت ملی و اسلامی را وابسته به کار جدی در امر دانش و پژوهش می‌دانند (بیانات، 9/7/1386). همچنین، پژوهش، نوآوری، جنبش نرم‌افزاری، ارتباط صنعت و دانشگاه را رکن بلندمدت امنیت کشور می‌شمارند (بیانات، 4/6/ 1388). مرجعیت علمی جمهوری اسلامی ایران یکی از مهم‌ترین اهدافی است که رهبر انقلاب اسلامی برای پیشرفت علمی کشور تعیین کرده‌اند (بیانات، 14/2/1384). مرجعیت علمی دو محور اصلی دارد: 1. ایرانیان در صدر نامآوران عرصۀ فناوری و علم در دنیا قرار گیرند (بیانات، 17/10/1383). 2. اگر کسی خواست به آخرین دستاوردهای علمی دست پیدا کند، ناچار به یادگیری زبان فارسی باشد (بیانات، 14/2/1384، 12/6/1386، 18/ 8/1385). در اندیشۀ ایشان، شناخت ظرفیت بالای کشور، همت و تلاش بالا و گمنکردن راه، از اصلیترین عوامل تحقق مرجعیت علمی است (بیانات، همان تاریخ). آیت‌الله خامنه‌ای فراگیری علم و دانش را به قدری دارای اهمیت و ضروری می‌دانند که معتقدند اگر علم در اختیار دشمن ما هم باشد، بدون تأثیرپذیری از دشمن، باید آن را فرا گرفت (بیانات، 28/3/1370). از این روی، معتقدند بر اساس آموزه‌های اسلام، تعلیم و تعلم از هر‌کسی مهم است، ولی نباید این موضوع به یک تبادل ناسالم علمی و فرهنگی، همچون روالی که در رژیم شاهنشاهی گذشته روی داد، تبدیل شود (بیانات، 9/2/1371).
به نظر ایشان باید از دانش دیگران برای جوشیدن استعدادهای موجود در کشور استفاده نمود (بیانات، 12/ 9/1370).
به نظر ایشان تلاش در جهت رشد و توسعۀ علمی باید به جایی برسد که تا 50 سال آینده، کشور ایران به صادرکنندۀ علم به سراسر دنیا و یکی از مراجع علمی تبدیل شود (بیانات، 7/ 9/1381) و زبان فارسی نیز زبان علم دنیا شناخته شود (بیانات، 30/1/1384). ایشان معتقدند که باید در همۀ زمینه‌ها، چه علوم طبیعی و چه علوم انسانی، علم تولید شود و اتصال علم به صنعت نیز محقق شود (بیانات، 15/5/1382).
3. بسترسازی برای پرورش نخبگان: بسترسازی برای پرورش نخبگان و شناسایی استعدادهای نخبه، از مسائلی است که مورد تأکید رهبر انقلاب اسلامی بوده است (بیانات، 5/7/1383). ایشان نخبگان را ثروتهای ملی (پرسش و پاسخ در جمع دانشجویان و استادان دانشگاه صنعتی امیرکبیر، 9/12/ 1379) و سرمایه‌های معنوی (بیانات، 14/2/1384) می‌دانند و به همین دلیل بر توجه ویژۀ مسئولین کشور به نخبگان همواره تأکید خاصی داشته‌اند. بر همین اساس، تشکیل بنیاد ملی نخبگان از اقداماتی بود که با پیگیریهای خاص ایشان شکل گرفت.
4. حمایت همهجانبه از تحقیق: آیت‌الله خامنه‌ای معتقدند که باب تحقیق را بایستی باز گذاشت و دستگاههای مختلف، کارخانجات صنعتی و مدیران خصوصی و دولتی صنعتی بر روی مسئلۀ تحقیق باید خیلی تلاش کنند تا بدین طریق، صنایع بتوانند در رقابت با رقبای پیشرفته، حفظ شوند (بیانات، 9/1/ 1389). ایشان بر ضرورت جهتدهی به تحقیقات تأکید دارند و معتقدند که تحقیقات باید بتواند در جهت مشخصی مدیریت شوند و پراکندگی در کار تحقیقات باعث کم‌فایده شدن آن خواهد شد (بیانات، 19/ 9/1380). بر همین اساس، مهم‌ترین راهکارهایی که در این مسیر بیان نموده‌اند، لزوم کمک و پشتیبانی در خصوص ایجاد شهرکهای علمی و تحقیقاتی در کشور (بیانات، 19/ 9/1380)، تأسیس پارکهای علم و فناوری (بیانات، 23/5/1385) و یا ایجاد مجلات I.S.I اسلامی، جهت درج مقالات علمی پژوهشگران داخلی بوده است (بیانات، 3/7/1384).
5. خودکفایی علمی و ضرورت تحول در علوم انسانی: آیت‌الله خامنه‌ای ضمن تأکید بر اجتناب از علم، فرهنگ و اندیشۀ ترجمهای، معتقدند نباید بدون بهره‌گیری از خرد، تحلیل و درک و فهم داخلی، مرعوب موج تبلیغاتی جهان غرب شد و به علم، ایده و فکر ترجمهای روی آورد (بیانات، 26/ 9/1382). از این روی، ایشان تقلید و ترجمۀ بدون نوآوری را نه پیشرفت، بلکه پسرفت می‌دانند و بر علم درون‌زا به عنوان عامل اقتدار کشور تأکید نموده‌اند (بیانات، 18/ 8/1385). ایشان به جای ترجمه، راه اقتباس علمی را پیشنهاد می‌کنند (بیانات، 3/7/1381).
یکی از ضروریات در تحول علمی کشور از نگاه آیت‌الله خامنه‌ای، تحول در علوم انسانی است. جهت‌گیری علوم انسانی باید به سمت اسلامی‌شدن و آمیخته‌شدن محیط دانشگاهها با مفاهیم اسلامی باشد. ایشان معتقدند روند نزدیک‌شدن به اهداف انقلاب اسلامی باید خود را در دانشگاهها، کتابهای دانشگاهی، استادان و فضای دانشگاه نشان دهد (بیانات، 10/ 9/1371). به نظر ایشان حوزۀ علوم انسانی نیازمند نظریه‌پردازی است (بیانات، 14/2/1387) و موارد و مفاهیم اساسی شکل‌دهنده به علومی چون حقوق، اقتصاد، سیاست و دیگر بخشهای اساسی علوم انسانی، با تحقیق و نوآوری در داخل، قابل تولید است و در این مسیر حوزه و استادان مؤمن و معتقد به اسلام می‌توانند با جست‌وجو و تفحص در این مورد اقدام نمایند (بیانات، 8/ 8/1382). ایشان در خصوص چگونگی بهره‌گیری علوم انسانی اسلامی، از علوم انسانی غربی معتقدند اگر تلفیق این دو، به معنای مجذوب‌شدن، دلباخته‌شدن و مغلوب‌‌شدن در مقابل علوم انسانی غربی نباشد، اشکالی ندارد (بیانات، 29/10/1384).
6. ضرورت شکل‌گیری جنبش نرم‌افزاری در کشور: یکی از نکات مهمی که آیت‌الله خامنه‌ای خصوصاً از اوایل سال 1380 ش بر آن تأکید بسیار داشته‌اند، موضوع جنبش نرم‌افزاری، به معنای ایجاد جنبش و حرکتی عظیم در زمینۀ علم، تولید علم و شکستن مرزهای علم بوده است (بیانات، 17/10/1383). ایشان معتقدند در نهضت نرم‌افزاری، نباید به فراگیری قانع بود و باید هدف تحقیق و آموزش، تولید علم و رسیدن به جایی باشد که نوآوریهای علمی از آن شروع شود (بیانات، 8/ 8/1382). همچنین خارج شدن از حالت تقلیدی و ترجمهای (بیانات، 15/ 8/1382) و لزوم بالا رفتن توجه و حساسیت مردم، نسبت به مقولاتی چون علم، امنیت، پرورش نخبگان، اقتدار ملی، کار و ابتکار گره‌گشا و پیش‌برنده را از دیگر ویژگیهای نهضت نرم‌افزاری برشمرده‌اند (بیانات، 11/ 9/1383).
7. توجه مضاعف به دانشگاهها و دانشگاهیان: آیت‌الله خامنه‌ای به دلیل اهمیت ویژه‌ای که برای علم قائل‌اند، به همان نسبت نیز برای دانشجویان و دانشگاهیان، جایگاه ویژه‌ای قائل‌اند، به‌طوری که دیدار با دانشگاهیان و گوش‌دادن به سخنان و نظرات آنان به عنوان یکی از برنامه‌های سالیانۀ ایشان محسوب می‌شود. یکی از مهم‌ترین تأکیداتی که ایشان در خصوص دانشگاهها داشته‌اند، لزوم اسلامی‌شدن محیط دانشگاهها و همچنین موضوع آزاد اندیشی در محیط دانشگاهها بوده است. در بیان آیت‌الله خامنه‌ای علم با دین، تلاش‌گری با اخلاق، تضارب افکار با سعۀ صدر، تنوع رشته‌ها با وحدت هدف، کار سیاسی با سلامت نفس، تعمق و ژرف‌نگری با سرعت عمل و خلاصه اینکه دنیا با آخرت همواره در دانشگاهها باید باهم باشد (پیام به دانشجویان، 3/7/1375). از نظر ایشان دانشگاهی اسلامی است که در آن، علم یک ارزش حقیقی تلقی شود و افراد در آن برای کسب درآمد، تحصیل نکنند (پرسش و پاسخ با دانشجویان در دانشگاه تهران، 22/2/1377).
از منظر آیت‌الله خامنه‌ای، آزاداندیشی یعنی آزادانه فکرکردن، آزادانه تصمیم‌گرفتن، ترجمهای، تقلیدی و بر اثر تلقین دنبال بلندگوهای تبلیغاتی غرب حرکت نکردن (بیانات، 15/ 8/1382). باید راه آزاداندیشی، نوآوری و تحول را بازگذاشت و این امر از سوی خود نخبگان و فعالان دانشجویی مدیریت شود تا به ساختارشکنی و شالوده‌شکنی و بر هم زدن پایه‌های هویت ملی نینجامد. باید دنبال حرف نو و پیدا کردن حرف نو بود و در عین حال مراقب بود تا این حرف نو در جهت تخریب نباشد، بلکه در جهت ترمیم و تکمیل باشد (بیانات، 18/ 8/1385). یکی از راههای ضروری در این مسیر را ایجاد کرسیهای آزاداندیشی در دانشگاهها برای ایجاد محیط سالمی جهت میدان دادن به دانشجو برای اظهارنظر بیان می‌کنند (بیانات، 8/6/ 1388).
8. لزوم همراهی علم با دین و اخلاق: آیت‌الله خامنه‌ای ضمن رد دیدگاه ناسازگاری علم‌گرایی با دین‌گرایی، معتقدند علت تفوق علمی مسلمین ــ که چند قرن بوده است ــ توجه اسلام به علم و دانش بوده است (بیانات، 15/11/1370). با چنین دیدگاهی ایشان همیشه بر ضرورت همراه بودن پیشرفتهای علمی با ارزشهای اخلاقی تأکید داشته‌اند و معتقدند: «علم باید با اخلاق و ایمان همراه شود تا ما نیز دچار معضلی که غرب با آن مواجه شد، نشویم؛ زیرا علم برای غرب وسیلۀ ظلم، انحراف اخلاقی، و فرهنگهای گمراه‌کننده شد» (بیانات، 25/6/1385). از نظر ایشان اگر بشر به دانشهای مختلفی دست پیدا کند، اما روابط صحیح انسانی را نشناسد، زورگویی بر زندگی مردم حاکم باشد، نور معرفت و انسانیت نباشد، دچار جهالت است (بیانات، 13/11/1370). به نظر ایشان ایران اسلامی می‌خواهد هم عقلانی، منطقی، علمی و پیشرفته زندگی نماید و در عین حال متمسک به ارزشهای اخلاقی خود و پایبند به ایمان دینی خود نیز باشد (بیانات، 9/1/ 1389). یکی از مسائل مهمی که ایشان در سخنان خود در عرصۀ علمی‌شدن کشور تأکید ویژه‌ای بر آن دارند، لزوم تفاوت بین علمی‌شدن و غربی‌شدن است. ایشان به آن گونه از فراگیری علمی تأکید دارند که در خدمت انسانیت، عدالت و صلح و امنیت باشد، نه علمی‌که در خدمت جنگ، خشونت، فحشا، مواد مخدر، تجاوز به ملتها، خون‌ریزی و جنگ باشد (بیانات، 25/2/1386).
9. بهره‌مندی از فناوری هسته‌ای: یکی از مهم‌ترین تأکیدات آیت‌الله خامنه‌ای در جهت رشد علمی و فناوری کشور، ضرورت دستیابی، و بهره‌مندی از فناوری هسته‌ای بوده است و رشد علمی در این رشته را دارای مزایای بسیاری دانسته و معتقدند جوانان و متفکران با استعداد در کشور توانستند بدون کمک در طول چند سال، آرام آرام این فناوری را به دست آورند (بیانات، 1/1/1382). به نظر ایشان این فناوری در کشور از بین نمی‌رود و نباید از بین برود، چون آن را از کسی عاریه و وام نگرفته‌ایم و متخصصان هوشمند داخلی‌توانسته‌اند به آن دست پیدا کنند. این دانش ارزشمند را نه دولت، نه مسئولان، نه سازمان انرژی اتمی و نه هیچ فرد دیگری حق ندارد از دست بدهد و روی آن معامله بکند (بیانات، 11/ 8/1382). رهبر انقلاب اسلامی همیشه در سخنان خود علاوه بر اینکه بر عدم توقف فعالیتهای علمی در مسیر به دست آوردن فناوری هسته‌ای تأکید نموده‌اند، در عین حال توسعۀ بیشتر مطالعات در این راه را نیز خواستار شده‌اند. ازجمله ایشان با اشاره به تولید سانتریفیوژهای نسل چهارم و پنجم در دنیا، بر ضرورت دستیابی ایران به چنین تکنولوژیهایی و حتى بالاتر از آن تأکید نموده‌اند (بیانات، 25/3/1385). ایشان تأخیر در دستیابی به دانش هسته‌ای را نادرست می‌دانند و معتقدند اگر امروز این دانش از سوی ملت ایران دنبال نشود، فردا دیر خواهد بود تا احیاناً جوانان ما در نسل آینده با اتمام نفت، دستشان به طرف غربیها دراز نباشد (بیانات، 15/ 9/ 1388).
ز ـ امور نظامی، دفاعی و انتظامی
آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، نگاه راهبردی به امور نظامی و دفاعی داشته‌اند و با اتخاذ تدابیر و ارائۀ جهتگیریهای اصلی در بازدید از مراکز و تأسیسات دفاعی و نظامی، ترغیب و پیگیری پیشرفتها و دستاوردهای نظامی و دفاعی، اخلاق و معنویت نیروهای مسلح و بر تخصص همراه با تعهد و ایمان تأکید دارند ( اصول ... ، 38). ایشان علت تبلیغات مغرضانۀ دشمن در خصوص نظامیگری در جمهوری اسلامی ایران را در پایبندی نظامیان به ارزشهای اخلاقی، انقلابی و سرنوشت کشور می‌دانند ( ارتش در ... ، 190، 196).
1. ویژگیها: ویژگیهای نیروهای مسلح و انتظارات آیت‌الله خامنه‌ای در دوران رهبری از آنها بدین شرح بوده است:
الف) ترکیب نیروی ایمان و دانش نظامی و نظامیگری: آیت‌الله خامنه‌ای ناکامی دشمن در جنگ تحمیلی را در سایۀ سرمایۀ ارزشمند ایمان و معنویت رزمندگان اسلام می‌دانند و برای عامل ابزار جنگی در مقام مقایسه با آن نقش تعیینکنندهای قائل نیستند ( ارتش: کلمه، 405).
ب) تجلیل از رزمندگان اسلام: آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل قوا به ملت ایران توصیه می‌کنند که از فداکاران دوران جنگ، کسانی که جان خود را در معرکۀ حق و باطل به گـروگان گذاشتند قدردانی نموده، و آنها را بزرگ بدارند.ایشان حماسه، شجاعت، قدرت صلابت و فتح رزمندگان را با هیچ بیانی قابل توصیف نمی‌دانند، زیرا از نگاه ایشان صحیفۀ دل و لوح ذهن پرخاطره و ارادۀ پولادین آنها را که پیشرفتهترین سلاحهای ابرقدرتها در آن اثرگذار نبوده است، نمی‌شود به سادگی ترسیم کرد (پایگاه، بش ).
ج) تقویت ارتش و سپاه به عنوان دو بازوی نیرومند نظام جمهوری اسلامی: فرمانده کل قوا، با اشرافی که به مسائل نظامی دارند، ضمن مقایسۀ عملکرد ارتش جمهوری اسلامی ایران با قبل از انقلاب همواره در تقویت این دو نهاد کوشیده‌اند و به نقش مکمل آنها نسبت به همدیگر و به عنوان دو بازوی نیرومند نظام تأکید کرده‌اند ( ارتش در، 199، 208). البته رهبر انقلاب اسلامی معتقد به مأموریتهای متمایز آنها نیز هستند (حدیث، 3/300-301). براساس قانون اساسی مأموریت محوری سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، نگهبانی از انقلاب اسلامی و دستاوردهای آن و وظیفۀ ارتش جمهوری اسلامی ایران پاسداری از استقلال و تمامیت ارضی کشور می‌باشد.
د) نیروی دریایی: امروزه دریا و حمل‌ونقل دریایی از حیث اقتصادی و سهولت جابه‌جایی نسبت به حمل‌ونقل هوایی و زمینی مقرون به صرفه است. از بُعد نظامی نیز نیروی دریایی در هر کشوری در کنار دیگر نیروها با انجام دادن مأموریتهای نظامی در عملیات دفاعی و یا تهاجمی مشارکت می‌کند. آیت‌الله خامنه‌ای به‌عنوان فرمانده کل قوا، همواره تقویت نیروهای مسلح به‌ویژه نیروی دریایی را جهت توانمندی بیشتر متذکر شده‌اند. از نگاه ایشان نیروی دریایی نیرویی راهبردی است که گسترۀ فعالیت آن علاوه برآبهای داخلی به آبهای آزاد و بین‌المللی نیز ارتباط پیدا می‌کند. ایشان با اشاره به حساس بودن منطقۀ خلیج فارس، از این منطقه به عنوان محل قدرتنمایی اشغالگران و قدرتطلبانی یاد نمودند که استقلال و حیثیت ملتها برای آنها ارزشی نداشت (بیانات، 12/10/1370). با اشاره به عدم اهتمام ایران به امر دریانوردی در طول تاریخ، میگویند: تصرف دریاهای متعلق به ایران توسط نیروهای بیگانه سبب شد که بنادر ایران مدتها در اشغال اجانب باشد (راهبرد حماسه ... ، 7-12). ایشان اولویت نیروی دریایی در دریاهای شمال و جنوب به‌ویژه خلیج‌فارس و دریایی عمان را در مجهز شدن به وسایل و تجهیزات مدرن بیان کردند (همان، 14). آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به نقش این نیرو در جنگ، این پرسش را مطرح کردند که در جنگها و حملات فرامنطقه‌ای جایگاه نیروی دریایی جمهوری اسلامی ایران کجا ست؟ (همان، 20-21). در 19 اسفند 1386، در دیدار فرمانده نیروی دریایی ارتش با گوشزد نمودن حساسیت کار این نیرو، مسئولیت کار در دریای عمان را فرصتی برای این نیرو دانستند و حضور گستردۀ دشمن در اقیانوس هند را از دشواریها و دلیل با اهمیت بودن کار در این منطقه برشمردند. به تعبیر ایشان جنگ در خلیج فارس جنگ در داخل خانه است در حالی که در دریای عمان در بیرون خانه (همان، 23-25). در 6 آذر 1387، در دیدار مسئولان نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران با اشاره به محدودیت امکانات و فرسایش برخی از آنها، صرفه‌جویی و اولویت‌بندی را سبب افزایش توان رزمی ارزیابی نمودند. آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل قوا از ساحل عظیم، طولانی و بسیار حساس دریای عمان به مثابۀ گنجی کشف‌نشده نام بردند (همان، 27، 34، 36). ایشان یکی از دلایل جنجالآفرینی بر ضد نظام اسلامی را موفقیتهای آن در تحولات منطقه برشمرده و سواحل گستردۀ کشور به‌ویژه دریای عمان و عقبۀ آن در منطقۀ مُکران را ثروت عظیم ملی توصیف نمودند (بیانات، 7/ 9/1391).
ه ) انتظارات از نیروهای مسلح: تهذیب نفس، معنویت‌افزایی در کنار مجاهدت و تقویت پایه‌های علمی و نظامی و الگوی یک مسلمان نیکاندیش و مؤمن بودن، مجهز شدن به فناوری روز، و تلاش در فتح میدانهای وسیع از جملۀ انتظاراتی است که فرمانده کل قوا از نیروهای مسلح دارند. ایشان از پرسنل نیروهای مسلح می‌خواهند از حیث معنوی و دینی خودشان را پابه‌پای مایه‌های علمی و رزمی تقویت نموده و الگوی یک مسلمان پاک، مؤمن، نیکاندیش، خوش رفتار و دارای معرفت باشند ( ارتش: کلمه ... ، 87). ایشان برخورداری از روح سازندگی و در کنار آن مجهز شدن به فناوری روز را به همت جوانان متفکر و دستهای ماهر لازمۀ نیروهای مسلح ارزیابی نمودند (ارتش در، 63-64). در 6 آذر 1387، در دیدار جمعی از فرماندهان نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران، مأموریتهای این نیرو را پیچیده و آبی ـ خاکی توصیف نموده و از فرماندهان خواستند با برآورد امکانات و تجهیزات، آنها را عملیاتی و به روز نمایند (راهبرد حماسه، 29، 32-33).
و) اقتدار نیروهای مسلح، راز ماندگاری: اقتدار و آمادگی نیروهای مسلح در دفاع از تمامیت ارضی نظام اسلامی و حفظ ارزشها، نقش مهمی دارند. آیت‌الله خامنه‌ای در این خصوص، آمادگی نیروهای مسلح را حائز اهمیت دانسته، و به پیشگام بودن نیروهای مسلح در دوران بازسازی و صلح همانند دوران جنگ تأکید کردند و حفظ آمادگی رزمی را اولویت نخست این نیروها و نوسازی در درون آن را اولویت بعدی برشمردند (پایگاه، بش ) و کارکنان این نیرو را به حفظ آمادگی و انسجام، به تحول سازمانی و به ازدست ندادن احساس مسئولیت توصیه نمودند (حدیث، 6/226، 229). آیت‌الله خامنه‌ای بازماندن از وظیفۀ اصلی را از آفتهای نیروهای مسلح در زمان صلح قلمداد نموده، و به آنها توصیه کردند که اگر سالها هم جنگی اتفاق نیفتد، باید با جان آماده باشند تا ملت ایران احساس کند مدافعان میهن همیشه آمادۀ جانفشانی‌اند. از نگاه ایشان، اقدامات بازدارندۀ نیروهای مسلح، ایستادگی در برابر کسانی است که با آرزوها و اهداف بزرگ ملتی سر ستیز دارند ( ارتش: کلمه، 304-305). در 26 مهر 1377، در رد به خاموشی‌گراییدن شمع فروزان معنویت در دلها پس از جنگ گفتند: «عده‌ای از جوانان پاک و مؤمن با شنیدن قضیۀ ختم جنگ، عزا گرفتند و فکر کردند درهای شهادت و درهای معنویت بسته شد. البته جهاد یکی از درهای بهشت است. ثانیاً، جهاد در میدان جنگ یکی از روشهای جهاد است (پایگاه، بش ). به نظر رهبر انقلاب امنیت مرزها و مقولۀ انگیزه‌های سیاسی و فرهنگی موجود در ورای مرزها مسئلۀ مهمی است که نظام اسلامی باید در مرزهای خود اقتدار کامل و تدبیر مناسبی را اعمال کند، زیرا این مرزها مرزهای اسلام و انقلاب اسلامی است و باید مستحکم باشد ( ارتش: کلمه، 351، 354).
2. اقدامات: اقدامات مهم آیت‌الله خامنه‌ای در امور دفاعی و نظامی را بدین شرح می‌توان بیان کرد:
الف) ادغام کمیتههای انقلاب اسلامی، شهربانی جمهوری اسلامی ایران و ژاندارمری جمهوری اسلامی ایران و تشکیل نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران: هدف از این کار عدم تداخل وظایف، وحدت نظر و عمل نیروهای انتظامی، برقراری امنیت در داخل و مرزها و صرفه‌جویی در هزینه عنوان شده بود. طرح ادغام پس از تصویب در مجلس شورای اسلامی و تأیید شورای نگهبان با تأیید فرمانده کل قوا به مرحلۀ عملیاتی رسید. آیت‌الله خامنه‌ای براین باورند که وجود این نیرو باید احساس امنیت را در نگاه بیننده به‌وجود آورده، و تأمین امنیت شأنی برای آن نیرو باشد (پایگاه، بش ).
ب) تشکیلات جدید سپاه پاسداران انقلاب اسلامی: آیت‌الله خامنه‌ای در کنار حمایت از نیروهای نظامی و انتظامی، جایگاه ویژه‌ای برای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی قائل‌اند و آن را مولود انقلاب می‌دانند (حدیث، 3/3). به نظر ایشان، بار سنگین مجاهدت سالهای دشوار جنگ بر دوش این نهاد انقلابی بوده که نیروهایش برخوردار از موهبت الٰهی و معنوی کم‌نظیر است. موهبت دیگر این نیرو نعمت جهاد است که فضیلت جهاد مسلحانه با دیگر فضایل غیرقابل قیاس می‌باشد (بیانات، 25/6/1372).
ج) رزمایشها: اهداف برگزاری رزمایشها عبارت‌اند از: نشان دادن اقتدار نیروهای مسلح، قدرت بازدارندگی آن در برابر تهدیدها و حفظ آمادگی نیروها. آیت‌الله خامنه‌ای در 25 خرداد 1374، در رزمایش عاشورای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی خطاب به جهانیان اعلام نمودند که ایران اهل تهاجم، فساد، ظلم و بی‌عدالتی نیست. در عین حال تصریح کردند که این ملت اهل تسلیم هم نیست و تهدید نظامی، اتمی و سایر تهدیدها در چنین ملتی تأثیر ندارد (بیانات، 25/3/1374). در 3 خرداد 1375، در دیدار دستاندرکاران شرکتکننده در رزمایش بزرگ ولایت آن را حرکتی انقلابی، سازنده، امیدبخش و کاری مهم در جهت کیفیت‌بخشی به نیروهای مسلح ارزیابی نموده، و اظهار امیدواری کردند که نتایج آن نیز برای نیروهای مسلح پرثمر و ماندگار باشد. از منظر ایشان نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران تهدیدی برای ملتها و کشورها به حساب نمی‌آیند، بلکه تنها با متجاوز مقابله به مثل خواهند نمود (بیانات، 3/3/1375). در 5 مهر 1376، در رزمایش ذوالفقار، قدرت نظامی را برای کشوری که مورد تهدید قدرتها قرار می‌گیرد، از اوجب واجبات دانستند. ایشان مردمی بودن و برخوردار بودن از قدرت نظامی مردمی، خودکفایی و کارآمدی را لازمۀ نظامهای سیاسی دانستند ( ارتش: کلمه، 287- 288).
د) تأسیس ستاد فرماندهی کل قوا و تغییر برخی عناوین سازمانی: در اوایل پیروزی انقلاب اسلامی، امام خمینی سمت فرماندهی کل قوا را خود عهده‌دار بودند، ولی بعدها به دلیل کثرت مسئولیتها و کسالتی که بر ایشان عارض گردید، دستور تشکیل ستاد فرماندهی کل قوا را صادر نمودند. در اواخر جنگ برای هماهنگی بیشتر در نیروهای مسلح و جهت حمایت دولت، ستاد کل نیروهای مسلح شکل گرفت؛ سیاست‌گذاری، هدایت و نظارت بر نیروهای مسلح از وظایف این ستاد می‌باشد ( فرهنگ‌نامه ... ، 170-171).
آیت‌الله خامنه‌ای در 21 اسفند 1368 به عنوان فرمانده کل قوا در این خصوص در دیدار مدیران ستاد فرماندهی کل قوا، یکی از مقاصد عمدۀ تأسیس این ستاد را هماهنگی بین سپاه و ارتش و مأموریت دیگر آن را هدایت عمومی نیروهای مسلح ذکر نمودند. ایشان این ستاد را از لحاظ سلسله‌مراتب برتر و فراتر از ستادهای این دو سازمان نظامی، و از حیث مأموریتی نیز کاملاً متفاوت ارزیابی نمودند (حدیث، 3/300-303). این ستاد به عنوان بالاترین مرجع نظامی نیروهای مسلح در اواخر جنگ تحمیلی تأسیس شد. آیت‌الله خامنه‌ای در 21 دی 1369، در دیدار فرماندهان عالی‌رتبۀ نظامی و انتظامی، فرماندهی را محور اصلی نیروهای مسلح و امری معنوی قلمداد نمودند (همان، 6/ 158- 159). در 25 دی 1370، با صدور فرمانی به سرلشکر سید حسن فیروزآبادی و سرلشکر محسن رضایی، عناوین «ستاد فرماندهی کل قوا» و «ستاد کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی» را به ترتیب به «ستاد کل نیروهای مسلح» و «ستاد مشترک سپاه پاسداران انقلاب اسلامی» تغییر نام دادند (انتصابها، 25/10/1370).
ه ) آموزش نظامی: کارآمدی نیروهای مسلح تابعی از کارآمدی آموزش و دوره‌های آموزشی است. عنایت به مراکز و محتوای آموزشی آنها و آگاهی از میزان اثربخشی آن یکی از مهم‌ترین وظایف و دغدغه‌های فرماندهان و مسئولان عالی‌رتبۀ نظامی است. فرمانده کل قوا، جنگ را میدان تجربه و محلی برای قوی‌تر شدن دانسته‌اند که از روز به روز و ساعت به ساعت آن باید درس گرفته شود. ایشان به تدوین متون آموزشی براساس عملیات نظامی تأکید دارند (بیانات، 13/7/ 1368). در 28 آبان 1369، در دفتر یادبود دانشگاه هوایی 3 نکته را به عنوان پشتوانۀ حقیقی پیشرفت و راز پیروزی به استادان این دانشگاه متذکر شدند: تداوم حرکت، اهمیت دادن به کیفیت و پرداختن به تقوای خود و دانشجویان (حدیث، 5/312). در 18 بهمن 1369، هنگام دیدار کارکنان نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران، تداوم آموزش کیفی با سازمان‌دهی منظم را به آنان توصیه کردند و مقولۀ دفاع را وظیفه‌ای عقلی.ـ اسلامی و انسانی ارزیابی نموده، و به غافل نبودن از کید دشمنانِ به‌کمین‌نشسته، تأکید ورزیدند ( ارتش در، 31-32). در 8 آبان 1370، طی سخنانی در دانشگاه افسری، این دانشگاه را مزرعۀ امیدبخشی معرفی نمودند که نهالهای مستعد باید در فضای مناسب آن رشد نموده و به بالندگی برسند (حدیث، 8/ 189). در 21 آبان 1376، در دیدار فرماندهان و دانشجویان این دانشگاه، علت تعلق خاطرشان به مراکز این‌چنینی را التقای 3 نقطۀ اساسیِ جنبه‌های علمی، سربازی و دلیری در راه دفاع و معنویت و قداست و نورانیت توصیف نمودند ( ارتش: کلمه، 293-294). در 13 اردیبهشت 1380، در دیدار فرماندهان و کارکنان نیروهای مسلح استان گیلان، بالا بردن کارایی را با شیوه‌های مختلف ازجمله با علمی نمودن شیوه‌ها و با ارتقا بخشیدن به تجربه‌ها از وظایف مهم نیروهای مسلح برشمرده، و به آموزشگاههای منطقۀ چهارم دریایی ارتش و بخشهای آموزشی سپاه گوشزد نمودند که هرگز به وضع موجود قناعت نکنند و مدام در تقویت انگیزهها، معنویتها، ایمانها و تواناییهای علمی کوشا باشند (همان، 374).
و) ایجاد فرماندهی کل ارتش: فرماندهی ارتش جمهوری اسلامی ایران بر نیروهای سهگانۀ ارتش فرماندهی دارد. این مقام در شهریور 1377 از سوی آیت‌الله خامنه‌ای ایجاد شد و قبل از آن فرماندهی کل قوا ضمن عزل و نصب فرماندهان نیروهای سهگانه، وظیفۀ هماهنگی و فرماندهی 3 قوه را نیز بر عهده داشت. علت اقدام به ایجاد فرماندهی ارتش از سوی آیت‌الله خامنه‌ای فرماندهی متمرکز و مستقل ارتش و ارتقای جایگاه و نقش آن نیرو بود. پیش از این، بعد از فرماندهی کل قوا، رئیس ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران عالیترین مقام رسمی ارتش بود. نخستین فرمانده ارتش سرلشکر علی شهبازی بود که در خرداد 1379 جای خود را به سرلشکر محمد سلیمی داد و در شهریور 1384 نیز سرلشکر عطاءالله صالحی این مقام را برعهده گرفت.
ح ـ امور حقوقی و قضایی
براساس اصل 110 قانون اساسی مصوب 1368 ش نصب و عزل و قبول استعفای رئیس قوۀ قضائیه برعهدۀ مقام معظم رهبری و عفو یا تخفیف مجازات محکومان نیز در صلاحیت این مقام است. رهبر معظم انقلاب اسلامی در آغاز دورۀ رهبری، اصول و محورهای اساسی جهت بهبود نظام قضایی کشور را تعیین، و با ارائۀ رهنمودهای لازم آن را تبیین کردند. اجرای حدود الٰهی، اقامۀ قسط و عدل، مبارزه با ظلم و ناحق، اصلاح و استقلال قوۀ قضائیه و قضات، قانون‌گرایی، حقمحوری، اولویت‌بندی در پیگیری مسائل، مبارزه با فساد مالی و اداری و همچنین ارتشاء و تزویر، دخالت ندادن گرایش سیاسی در امر قضا، ایجاد احساس امنیت و آرامش در مردم، قاطعیت در عمل و اطلاع‌رسانی و تبلیغات را به عنوان اصول و محورهای اساسی این قوه برشمرده، و در مناسبتهای گوناگون، ابعاد آنها را برای مسئولان قضایی تشریح و تبیین کردند (بیانات، 7/4/ 1368؛ همان، 4/4/ 1369؛ همان، 5/4/1370؛ همان، 7/4/1374؛ همان، 7/4/1376؛ همان، 5/4/1381؛ همان، 7/4/1382؛ همان، 7/4/1383). آیت‌الله خامنه‌ای معتقدند که قوۀ قضائیه معیار سلامت جامعه است و اگر این قوه سالم باشد، به مرور زمان تمامی دستگاههای کشور و جامعۀ اسلامی اصلاح می‌شود (بیانات، 7/4/ 1368).
از بنیادی‌ترین وظایف حکومت اسلامی، تحقق عدالت است. بر اساس شرایع اسلام، مجریان نظم و عدالت به همان اندازه وجودشان برای جامعه حیاتی است که نظم، عدل و داد. ازاین‌رو، در جمهوری اسلامی ایران، ولیِ فقیه که جانشین معصوم در عصر غیبت است، به رئیس دستگاه قضاء تفویض اختیار نموده و اجازۀ انتخاب قضات را به او می‌دهد. انتصابها، تدابیر ابلاغیهها، تدابیر و رهنمودها، بیانات و پیامهای ایشان به اختصار بدین شرح بوده است:
1. برخورد با ظالم: این موضوع از وظایف ذاتی و اولیۀ دستگاه قضایی می‌باشد. آیت‌الله خامنه‌ای مبارزه با جرم، تخلف و تجاوز به حقوق دیگران را در گرو کار مقبول این قوه در احقاق حق می‌دانند. ایشان خوب عمل نکردن دستگاه قضایی را موجب آلودهشدن آن و سایر دستگاهها و جامعه به فساد بیان کرده‌اند. ایشان توقع نظام اسلامی و ملت ایران از دستگاه قضایی را امیدواری مظلوم به احقاق حق خود از رهگذر مراجعه به این دستگاه و اطمینان حاصل نمودن ظالم از دست پولادین و پنجۀ بی‌اغماض دستگاه قضایی که هر لحظه گریبانش را خواهد گرفت، دانستند (همان، 6/4/1373). در 7 تیر 1374، در دیدار رئیس، مسئولان و قضات قوۀ قضائیه شأن این قوه را، شأن تصحیح، اصلاح و مبارزه با ظلم توصیف نمودند (بیانات). در 7 تیر 1378، در دیدار مسئولان قوۀ قضائیه، این قوه را مستعد مقابلۀ همهجانبه با ظلم دانسته و اسلامی کردن آن را به مسئولان گوشزد کردند (بیانات). در 7 تیر 1379، در دیدار مسئولان قضایی و خانوادۀ شهدای هفتم تیر نظارت، پیشگیری از جرم، و تأمین عدالت و امنیت را از سرفصلهای مهم وظایف قوۀ قضائیه برای ادارۀ مطلوب کشور برشمرده، و سنگینی ضربه‌های خصمانۀ دشمن بر پیکرۀ انقلاب را موجب بالا رفتن جوشش ایمان، صلابت، صبر و استقامت مردم ارزیابی نمودند (بیانات). در 7 تیر 1384، در دیدار مسئولان قضایی؛ عبور مقتدرانۀ نظام از حوادث تلخ و نیز توطئه‌های سنگین سیاسی، نظامی، اقتصادی و فرهنگی دشمن را مبیّن ریشه‌های سالم و عمیق شجرۀ طیبۀ انقلاب اسلامی برشمرده، و حرکتهای تاریخی را با ریزشهایی مواجه دانستند که در صورت سالم بودن ریشه‌ها و اصول این حرکتها، در کنار ریزشها، رویشهای با طراوت نیز وجود خواهد داشت (بیانات).
2. سپردن امر قضا به افراد باصلاحیت: رهبر انقلاب اسلامی ارزشهای مشخصی را در دادن مسئولیت به افراد مؤثر می‌دانند و تأکید می‌نمایند که همه‌کس را نمی‌شود بر هرکاری گماشت. باید افرادی که به مسئولیتها و مأموریتهای اجتماعی گماشته می‌شوند، صلاحیت و قابلیتهایی داشته باشند (خاطرات و حکایتها، 1/56-57). در 5 تیر1370، در دیدار رئیس و مسئولان قضایی، از جامعۀ قضات به عنوان مجموعه‌ای وزین، برخوردار از وزانتهای علمی، اخلاقی و تقوایی یاد نموده، و حرکت به سوی کمال را با رعایت کامل ضوابط و موازین اسلامی در تأمین عدالت که عدم تبعیض در شمول قانون کشور و قوانین قضایی از عمده‌ترین آنها ست، خواستار شدند (حدیث، 7/174-175). در 7 تیر 1376، در دیدار مسئولان قضایی، از قوۀ قضائیه به عنوان تضمینکنندۀ اعمال قانون و ضابطۀ اجرای عدالت نام برده، و نقش آن را در جلوگیری از شکل‌گیری طبقه‌ای جدید و برخوردار از ثروتهای بادآورده، مهم ارزیابی نموده، و معمار دستگاه قضایی، شهید بهشتی را شخصیتی کم‌نظیر و جمع بین علم، تقوا، تدبیر و خلقیات ارزشمند انسانی معرفی کردند (بیانات، 7/4/1376). در
7 تیر 1377، در دیدار دستاندرکاران دستگاه قضایی، از این دستگاه به عنوان دستگاه کارآمد نظام، ضامن امنیت، عدالت و اجرای قانون یاد نموده و تضعیف آن را جایز ندانستند (پایگاه، بش ). در 5 تیر 1381 در دیدار جمعی از قضات، ویژگیهای یک قاضی را در مواجهۀ با جرم؛ آگاهی، هوشمندی، منطق، استدلال و شجاعت ذکر نموده، و فرمودند که حکم قاضی باید به گونه‌ای مستدل و محکم صادر شود که در همۀ سطوح قابل دفاع باشد (بیانات). در 7 تیر 1383، در دیدار مسئولان قضایی، بار دیگر بر ایجاد عدالت و احقاق حق تأکید نموده و توصیه کردند دستگاه قضایی بدون تأثیرپذیری از ثروت، قدرت دیوان‌سالاری، جوسازی و تهمت، تحقق کامل عدالت را پیگیری نماید (بیانات). در 7 تیر 1386، در دیدار رئیس، مسئولان و کارکنان دستگاه قضایی؛ استقرار امنیت همهجانبه، برخورد قاطع و عبرتآموز با متجاوزان به قانون، اجرای عدالت، احقاق حق، قانون‌گرایی و ایستادگی در برابر زورگویان و فرصتطلبان را از مهم‌ترین وظایف این دستگاه برشمرده، و لازمۀ امنیت اقتصادی را مقابلۀ جدی با مفسدان اقتصادی ذکر نمودند و در مخالفت با اندیشۀ عدم برخورد با این مفسدان به بهانۀ بروز ناامنی اقتصادی در جامعه، برخورد با مفسدان اقتصادی را زمینهساز فعالیت اقتصادی همراه با امنیت فعالان سالم اقتصادی به حساب آوردند (بیانات). در 7 تیر 1389، در دیدار رئیس و مسئولان قوۀ قضائیه، از این قوه به عنوان یکی از بخشهای بسیار حساس نظام اسلامی نام برده، و خارج نشدن از جادۀ عدل و انصاف و تأثیرناپذیری از جوسازیهای سیاسی و حب و بغضها در قضاوت و صدور احکام را از اهم وظایف این دستگاه برشمردند (بیانات).
3. اجرای عدالت با معیارهای اسلامی: از اساسی‌ترین لوازم دوام و بقای هر حکومتی، اجرای عدالت است. این موضوع در جمهوری اسلامی ایران که اساس شکل‌گیری آن آموزه‌های دینی است، از اهمیت مضاعفی برخوردار است. در این راستا آیت‌الله خامنه‌ای از مسئولان قضایی خواسته‌اند که سلامت ارکان و اتقان احکام و سرعت و سهولت در اجرای عدالت را تضمین کنند که از نظر ایشان این امور بسیار مهم، و در تحقق عدالت قضایی تعیین‌کننده محسوب می‌شوند (پایگاه، بش ).
در 7 تیر 1368 در مراسم بیعت خانواده‌های شهدای هفتم تیر و مسئولان قضایی، آیت‌الله خامنه‌ای قوۀ قضائیه را ملاک و معیار جامعه، ملجأ و مأمن مردم دانسته، و اصلاح سایر دستگاههای کشور و جامعه را منوط به عملکرد مطلوب آن دانستند (حدیث، 1/150، 152-153). در 4 تیر 1369 در دیدار رئیس و مسئولان قوۀ قضائیه؛ طی بیاناتی به مخاطبان گوشزد نمودند که دستگاه قضایی حضرت علی (ع) را الگو قرار دهند. ایشان سرعت عمل و اتقان در رسیدگی به پرونده‌ها را دو عنصر مهم دستگاه قضایی دانستند (همان، 4/312-313، 316). در 7 تیر 1382، در دیدار مسئولان قوۀ قضائیه و قضات، به آنان توصیه نمودند که با اعتماد به نفس و رعایت ضوابط و موازین و با قدرت و قاطعیت کارها را دنبال نمایند (بیانات). در 1 فروردین 1382، در دیدار رئیس و مسئولان دستگاه قضایی با تأکید بر تقویت اقتدار و هوشمندی این قوه، وجود یک دستگاه قضایی قدرتمند و بی‌عیب و نقص را تضمینکنندۀ سلامت جامعه توصیف نموده و دستگاه قضایی ضعیف و ناسالم را عامل سقوط جامعه دانستند (بیانات). در 5 تیر 1387 در دیدار مسئولان قضایی، پیشرفت به سوی نقطۀ مطلوب، تلاش در کاهش مدت زمان دادرسی، اتقان احکام و به حداقل رساندن نقص آنها را از اولویتهای کاری دستگاه قضایی برشمرده، و سیاست حبسزدایی را از کارهای خوب تلقی نموده، درعین‌حال، وجود زندان را واقعیتی که با مدیریت صحیح می‌تواند به آموزشگاه نیکی تبدیل شود، دانستند (بیانات).
4. انتصابها: انتصابها در قوۀ قضائیه در دو بخش انجام می‌گیرد:
الف) انتصاب رؤسای قوه: آیت‌الله خامنه‌ای در 24 مرداد 1368، آیت‌الله محمد یزدی را طی حکمی به ریاست قوۀ قضائیه منصوب نمودند. در بخشی از حکم از او خواسته‌اند با اعمال قاطعیت و ابتکار، دستگاه قضایی را به شکل کاملاً اسلامی و برخوردار از عدالت و انصاف کامل سازمان‌دهی کند و در راستای پیشبرد امور از عناصر مؤمن، عالم و متعهد داخل و خارج از دستگاه قضایی استفاده نماید (انتصابها، 24/5/ 1368).
آیت‌الله خامنه‌ای در 23 مرداد 1373، مجدداً آیت‌الله یزدی را برای یک دورۀ پنج‌سالۀ دیگر به ریاست این قوه منصوب نمودند. در حکم انتصاب وی به جذب عناصر برجسته، کارآمد و انقلابی و به طرد عناصر فرصتطلب، بیمبالات و بی‌بصیرت، و به‌کاراندازی روش نظارت، و تعالی‌بخشیدن به کیفیت علمی و عملی قضا تأکید شده است (انتصابها، 23/5/1373).
رهبر انقلاب اسلامی در 23 مرداد 1378، آیت‌الله سید محمود شاهرودی را به ریاست قوۀ قضائیه منصوب نمودند. در بخشی از حکم آمده است که سلامت، قدرت و قاطعیت این دستگاه موجب سلامت همۀ دستگاههای کشور در نظام اسلامی و مایۀ گسترش امنیت و عدالت در زندگی همۀ مردم می‌گردد (انتصابها، 23/5/1373).
در تاریخ 23 مرداد 1383 مجدداً آیت‌الله شاهرودی را برای یک دورۀ پنج‌سالۀ دیگر به ریاست این قوه منصوب نمودند. به سان حکم قبلی در این حکم نیز به تشکیلات، زمانبندی و اجرایی نمودن برنامۀ مدون و پرورش عناصر کارآمد و مؤمن تأکید شده است (انتصابها، 23/5/1383).
در 24 مرداد 1388،آیت‌الله صادق آملی لاریجانی را به ریاست قوۀ قضائیه منصوب نمودند. در حکم وی اظهار امیدواری شده است که با توجه به فراهم آمدن بسیاری از زیرساختهای لازم، دوران شکوفایی این قوه محقق شود (انتصابها، 24/5/ 1388).
ب) انتصاب سایر مسئولان قضایی: در 13 دی 1368، رهبر انقلاب اسلامی پس از استعفای علی فلاحیان از سمت دادستانی دادگاه ویژۀ روحانیت، طی حکمی حجت‌الاسلام و المسلمین محمد محمدی ری‌شهری را به این سمت منصوب کردند. در حکم انتصاب وی با توجه به نقش علمای دینی در هدایت مردم و قوام امور کشور، تأکید شده است که نسبت به تخلفات و کج‌رویهایی که ممکن است از برخی از عناصر روحانینما صادر شود، حساسیت و اهتمام نشان داده شود و با متخلفین برخوردی قاطع و منطبق با احکام اسلامی انجام گیرد (حدیث، 3/113).
در 9 بهمن 1369، حجج اسلام جعفر منتظری و کاظم صدیقی و حسین دادگر مأموریت یافتند که از دستگاه قضائی کشور بازرسی به‌عمل آورند و گزارش خود را به رهبر انقلاب اسلامی تقدیم کنند (همان، 6/ 195).
در 25 آذر 1377، حجت‌الاسلام والمسلمین محسنی اژه‌ای را به ریاست دادگاه ویژۀ روحانیت منصوب نمودند. در حکم انتصاب وی اظهار امیدواری شده است که مجموعۀ دادستانی از کیان و قداست روحانیت و حوزه‌های علمیه دفاع نموده و شأن والای روحانیت آگاه و دلسوز را از دستبرد بدخواهان حفظ نماید (انتصابها، 25/ 9/1377).
در پی استعفای حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای از ریاست دادستانی دادگاه ویژۀ روحانیت، حجت‌الاسلام محمد سلیمی را به این سمت منصوب نمودند. در بخشی از حکم مشارٌالیه به رعایت موازین اسلامی و دقت کامل در اجرای قانون و ممانعت از افراط و تفریط در پیگیری و صدور احکام قضایی تأکید شده است ( نرم‌افزار ... ، بش ).
آیت‌الله خامنه‌ای همواره ارتقای قوۀ قضائیه را از جهت نظری و عملی خواستار بوده و برای این کار تدوین برنامۀ جامعی را در زمانی کوتاه ضروری می‌دانند. از دیگر دغدغه‌های ایشان اتقان احکام قضایی از لحاظ فقهی بوده است؛ تا اگر احکام قضایی در معرض داوری فقها قرار گیرد، قاضی صادرکنندۀ حکم نگرانی نداشته باشد. اقتدار قوۀ قضائیه و افزایش اعتماد عمومی جامعه به عملکرد آن از دیگر خواستها و انتظارات رهبر انقلاب اسلامی می‌باشد.
مآخذ: آرشیو مركز اسناد انقلاب اسلامی؛ آرشیو مركز پژوهش و اسناد ریاست جمهوری، پرونده‌های دورۀ ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای؛ آرشیو مؤسسۀ پژوهشی ـ فرهنگی انقلاب اسلامی؛ آشنایی با مجلس شورای اسلامی، به کوشش روابط عمومی مجلس شورای اسلامی، تهران، 1360 ش؛ آقا بزرگ، طبقات اعلام الشیعة، قرن 14، تهران، 1388 ش؛ ابلاغها (ابلاغهای صادرشده از سوی آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی)؛ ارتش در نگاه رهبر (رهنمودهای فرمانده معظم کل قوا، حضرت آیت الله خامنه‌ای دربارۀ ارتش)، معاونت تبلیغات و روابط عمومی سازمان عقیدتی ـ سیاسی ارتش جمهوری اسلامی ایران، تهران، 1370 ش؛ ارتش: کلمۀ طیبه (مجموعۀ رهنمودهای مقام معظم رهبری و فرماندهی کل قوا در دیدار با کارکنان ارتش)، سازمان عقیدتی ـ سیاسی ارتش جمهوری اسلامی ایران، تهران، 1384 ش؛ از تهاجم فرهنگی تا جنگ نرم، به کوشش حسن بشیر و دیگران، معاونت فرهنگی ـ اجتماعی سازمان بسیج مستضعفین، تهران، 1388 ش؛ از جنوب لبنان تا جنوب ایران (خاطرات سردار سید رحیم صفوی)، به كوشش مجید نجف‌پور، تهران، 1383 ش؛ استاد شهید به روایت اسناد ساواك، به كوشش علی كردی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1383 ش؛ اسناد انقلاب اسلامی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1386 ش؛ اسناد نهضت آزادی ایران، نهضت آزادی ایران، تهران، 1362 ش؛ اصول و رهیافتهای هنر اسلامی در کلام رهبری، به کوشش مجتبى احمدی و دیگران، دانشگاه امام صادق، تهران، 1388 ش؛ اطلاعات (روزنامه)؛ امام خمینی در آیینۀ اسناد به روایت ساواک، مؤسسۀ تنظیم و نشر آثار امام خمینی، تهران، 1386 ش؛ امید انقلاب (هفته‌نـامه)، تهران، شم 147؛ انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواك، مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، تهران، 1376-1385 ش؛ او بهتنهایی یک امت بود، واحد فرهنگی بنیاد شهید انقلاب اسلامی، تهران، 1361 ش؛ بازرگان، مهدی، یادداشتهای روزانه، تهران، 1376 ش؛ باقری، علی، خاطرات 15 خرداد، تهران، 1388 ش؛ بنی لوحی، علی و ديگران، نبردهای شرق كارون به روايت فرماندهان، تهران، 1381 ش؛ بهبودی، هدایت‌الله، شرح اسم، زندگی‌نامۀ آیت‌الله سید علی حسینی خامنه‌ای (1318-1357)، تهران، 1391 ش؛ بیانات (بیانات آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی)؛ بیست سال تلاش در مسیر تحقق اهداف انقلاب فرهنگی، به كوشش ادارۀ كل روابط عمومی و اطلاع‌رسانی دبیرخانۀ شورای عالی انقلاب فرهنگی، تهران،1384 ش؛ پابه‌پای آفتاب، گفتهها و ناگفتهها از زندگی امام خمینی، به کوشش امیررضا ستوده، تهران، 1380 ش؛ پایگاه اینترنتی دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمى خامنه‌ای (مل )؛ پرسش و پاسخ، پیامها، فرمانها، حکمهای انتصاب، مصاحبه‌ها و نامه‌ها (از سوی آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی)؛ تاریخ علمای خراسان، به‌کوشش میرزا عبدالرحمان، مشهد، 1341 ش؛ تداوم آفتاب، ویژهنامۀ آغاز بیستمین سال رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، روزنامۀ جام‌جم، مرداد 1387؛ تقویم تاریخ خراسان، به كوشش غلامرضا جلالی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1377 ش؛ جرعه‌نوش كوثر، زندگی‌نامۀ رهبر معظم انقلاب اسلامی، به كوشش مؤسسۀ فرهنگی قدر ولایت، تهران، 1384 ش؛ جلالی، غلامرضا، مشهد در بامداد نهضت اسلامی، تهران، 1378 ش؛ جمهوری اسلامی (روزنامه)؛ جودکی، محبوبه، حسینیۀ ارشاد به روایت اسناد، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1388 ش؛ «چگونگی انتخاب رهبر در اجلاس فوق‌العادۀ مجلس خبرگان»، کیهان، 21/3/ 1368 ش، شم 633‘ 13؛ حاجسیدجوادی، فرید، روایت انتخابات، تهران، 1384 ش؛ حدیث ولایت، مجموعۀ رهنمودهای مقام معظم رهبری، به کوشش دفتر مقام معظم رهبری، سازمان مدارک فرهنگی انقلاب اسلامی، تهران، 1375-1377 ش؛ حسینی خامنه‌ای، سید علی، طرح کلی اندیشۀ اسلامی، مشهد، 1354؛ «خاطرات 3 رئیس جمهور» (مصاحبه با هاشم طالب)، جام‌جم، تهران، 1 بهمن 1384 ش، شم 635‘1؛ خاطرات آیت‌الله مهدوی کنی، به کوشش غلامرضا خواجهسروی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1385 ش؛ خاطرات سید مرتضى نبوی، به كوشش جواد كامور بخشایش، تهران، 1385 ش؛ خاطرات ماندگار (مجموعه خاطرات پخش‌شده از رادیو معارف)، به كوشش احمد اسفندیار، تهران، 1384 ش؛ خاطرات و حكایتها، به كوشش مؤسسۀ فرهنگی قدر ولایت، تهران، 1383 ش؛ خامنه‌ای، سیدعلی (رهبر معظم انقلاب اسلامی)، طرح کلی اندیشۀ اسلامی، مشهد، 1354 ش؛ خطبه‌ها (خطبه‌های آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی)، خلاصۀ مشروح مذاكرات شورای انقلاب، آرشیو مؤسسۀ پژوهشی ـ فرهنگی انقلاب اسلامی، تهران، ج 6؛ در مكتب جمعه، مجموعه خطبه‌های نماز جمعه، به كوشش مركز مدارك فرهنگی انقلاب اسلامی، تهران، 1364-1366 ش؛ درودیان، محمد، سیری در جنگ ایران و عراق، مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، تهران، 1380 ش، ج 5؛ دولتهای ایران از میرزا نصرالله‌خان مشیرالدوله تا میرحسین موسوی، به كوشش علیرضا اسماعیلی و دیگران، سازمان چاپ و انتشارات وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، تهران، 1379 ش؛ دهقانی فیروزآبادی، جلال، سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران، تهران، 1389 ش؛ راهبرد حماسه و دریا (گزیده‌ای از فرمایشات و تدابیر مقام معظم رهبری و فرماندۀ کل قوا در مورد اهمیت دریا و نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران؛ راهبردهای سیاست خارجی، برگرفته از بیانات مقام معظم رهبری، دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمى خامنه‌ای، تهران، 1390 ش؛ رسالت (روزنامه)؛ رضوی، مسعود، «هاشمی و انقلاب: تاریخ سیاسی ایران از انقلاب تا جنگ»، همشهری، تهران، 1376 ش؛ روز شمار انقلاب اسلامی، مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، تهران، 1380-1381ش؛ زندگی‌نامۀ مقام معظم رهبری، به كوشش مؤسسۀ فرهنگی قدر ولایت، تهران، 1377 ش؛ زنگنه قاسمآبادی، ابراهیم، مشاهیر مدفون در حرم رضوی، عالمان دینی، مشهد، بنیاد پژوهشهای آستان قدس رضوی، مشهد، 1382 ش؛ سائلی کرده‌ده، مجید، شورای انقلاب اسلامی ایران، مرکزاسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1384 ش؛ سیمای اسلام ناب محمدی، پیام حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی به مناسبت سالگرد رحلت جانکاه رهبر کبیر انقلاب و بنیان‌گذار جمهوری اسلامی حضرت امام خمینی، سازمان چاپ و انتشارات وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، تهران، 1369 ش؛ شادلو، عباس، تکثرگرایی در جریان اسلامی، تهران، 1381 ش؛ شریف رازی، محمد، گنجینۀ دانشمندان، تهران، 1354 ش؛ شمس‌آبادی، حسن، نقش علمای مشهد در انقلاب اسلامی، تهران، 1389 ش؛ صحیفۀ امام، مجموعۀ آثار امام خمینی، مؤسسۀ تنظیم و نشر آثار امام خمینی، تهران، 1378 ش؛ صورت مشروح مذاكرات شورای بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، به كوشش ادارۀ كل قوانین و ادارۀ تندنویسی مجلس شورای اسلامی، تهران، 1380 ش؛ صوفی‌نیارکی، تقی، بیداری اسلامی (هویت تمدنی و چالشهای پیش رو) در اندیشههای حضرت امام خمینی (ره) و رهبر معظم انقلاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، مؤسسۀ پژوهشی ـ فرهنگی انقلاب اسلامی، تهران، 1390 ش؛ علیبابایی، داوود، از بازرگان تا خاتمی (بیست و پنج سال در ایران چه گذشت؟)، تهران، 1385 ش؛ فارسی، جلال‌الدین، زوایای تاریك، تهران، 1373 ش؛ «فراز و نشیب حزب جمهوری اسلامی»، جام جم، 27 آذر 1386، شم 538؛ فرهنگ: مسائل و راهبردها از دیدگاه مقام معظم رهبری، ادارۀ کل پژوهشهای صدا و سیما، تهران، 1382 ش؛ فرهنگ‌نامۀ نهادهای انقلاب اسلامی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1387 ش؛ فرهنگ و تهاجم فرهنگی، به كوشش سازمان مدارك فرهنگی انقلاب اسلامی، تهران، 1375 ش؛ قاسمپور، داوود، دهۀ سرنوشت‌ساز، مرکز اسناد انقلاب اسلامی تهران؛ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، ادارۀ کل قوانین و مقررات کشور، تهران، 1369 ش؛ قصۀ آفتاب، به كوشش مؤسسۀ فرهنگی قدر ولایت، تهران، 1381 ش؛ كارنامۀ چهارسالۀ حزب جمهوری اسلامی از تأسیس تا تشكیل اولین كنگره، حزب جمهوری اسلامی، تهران، 1362 ش؛ كسروی، احمد، قیام شیخ محمد خیابانی، تهران، 1376 ش؛ كیهان (روزنامه)؛ گفت‌وگو با هاشمی رفسنجانی، پیشینه و كارنامۀ مجمع تشخیص مصلحت نظام، به كوشش عباس بشیری، تهران، 1381 ش؛ گفت‌وگوی چهارجانبه، تهران، 1382 ش؛ گلشن ابرار، به کوشش جمعی از پژوهشگران حوزۀ علمیۀ قم، نشر معروف، 1379 ش؛ مرادی، عبدالله، «تحلیل گفتمانی از هویت و مؤلفه‌های بیداری اسلامی بر مبنای بیانات مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای»، مقالات برگزیدۀ همایش نظریۀ بیداری اسلامی در اندیشۀ سیاسی حضرت آیت‌الله العظمى امام خمینی و حضرت آیت‌الله العظمى خامنه‌ای، به کوشش دبیرخانۀ همایش نظریۀ بیداری اسلامی، تهران، نهضت نرم‌افزاری، 1391 ش؛ مرجعیت آیت‌الله خامنه‌ای از دیدگاه فقهاء و بزرگان، به كوشش جمعی از روحانیون و فضلای حوزۀ علمیۀ قم، دفتر تبلیغات اسلامی حوزۀ علمیۀ قم، 1415 ق؛ مشروح مذاكرات جلسۀ علنی مجلس شورای اسلامی، دورۀ اول؛ مصاحبه‌ها، مجموعۀ مصاحبه‌های حضرت آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای در دوران ریاست جمهوری، به كوشش سازمان مدارك فرهنگی انقلاب اسلامی، تهران، 1366- 1368 ش؛ معتمد رضایی، مهدی، «بررسی وعدۀ قرآنی نصرت الٰهی در بیداری اسلامی از منظر مقام معظم رهبری»، مقالات برگزیدۀ همایش نظریۀ بیداری اسلامی در اندیشۀ سیاسی حضرت آیت‌الله العظمى امام خمینی و حضرت آیت‌الله العظمى خامنه‌ای، به کوشش دبیرخانۀ همایش نظریۀ بیداری اسلامی، تهران، نهضت نرم‌افزاری، 1391 ش؛ ملکی، عباس و ابوذر گوهری‌مقدم، «تصمیم‌گیری در سیاست خارجی، رهیافت تجربی»، فصلنامۀ سیاست خارجی، زمستان 1381 ش، شم 20؛ منشور دولت اسلامی، بازخوانی مواضع و انتظارات مقام معظم رهبری از قوۀ مجریه در 16 سال گذشته، به کوشش میثم موسى‌پور و محمدتقی کرامتی، تهران، 1384 ش؛ نرم‌افزار حدیث ولایت، مجموعه رهنمودهای مقام معظم رهبری حضرت آیت‌الله العظمى خامنه‌ای (مدظله العالی)، مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی نور؛ نوازنی، بهرام، گاه‌شمار سیاست خارجی ایران از دی‌ماه 1356 تا مردادماه 1367، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1381 ش؛ نیكبخت، رحیم، زندگی و مبارزات آیت الله شهید دكتر محمد مفتح، تهران، 1384 ش؛ ولایتی، علیاکبر، تاریخ سیاسی جنگ تحمیلی عراق علیه جمهـوری اسلامی ایران، دفتـر نشر فـرهنگ اسلامی، تهـران، 1376 ش؛ هـاشمی رفسنجانی، اکبر، آرامش و چالش، كارنامه و خاطرات سال 1362، به كوشش مهدی هاشمی، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1381 ش؛ همو، امید و دلواپسی، کارنامه و خاطرات سال 1364، به کوشش سارا لاهوتی، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1387 ش؛ همو، انقلاب در بحران، كارنامه و خاطرات سال 1359، به كوشش عباس بشیری، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1384 ش؛ همو، انقلاب و پیروزی، كارنامه و خاطرات سالهای 1357 و 1358، به كوشش عباس بشیری، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1383 ش؛ همو، بازسازی و سازندگی، کارنامه و خاطرات سال 1368، به کوشش علی لاهوتی، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1391 ش؛ همو، دوران مبارزه، به كوشش محسن هاشمی، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1376 ش؛ همو، عبور از بحران، كارنامه و خاطرات سال 1360، به كوشش یاسر هاشمی، دفتر نشر معارف انقلاب، تهران، 1378 ش؛ یاران امام به روایت اسناد ساواك، تهران، مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، تهران، 1376-1382 ش؛ یوسفی، بتول، پژوهشی پیرامون مبانی نظری بیداری اسلامی در قرن اخیر با تأکید بر اندیشههای حضرت آیت‌الله العظمى سیدعلی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی، نهضت نرم‌افزاری وابسته به انتشارات انقلاب اسلامی، تهران، 1391 ش؛ نیز: Paygāh, www.khamenei.ir.