محمد مجتهد شبستری در سال 1315 در شبستر (آذربایجان شرقی) چشم به جهان گشود. وی در 5 سالگی به اتفاق خانواده برای سکونت به تبریز منتقل شد. در سال 1330 برای تحصیل در علوم اسلامی وارد حوزه علمیه قم گردید. مدت 18 سال در این حوزه به تحصیل و تحقیق در فلسفه و کلام اسلامی، فقه و اصول و تفسیر پرداخت و در بالاترین سطوح حوزوی تحصیلات خود را به پایان رساند. در سال 1348 دو تن از مراجع تقلید شیعه و مرحوم دکتر سید محمد بهشتی از وی دعوت کردند تا برای ادارۀ مرکز اسلامی هامبورگ (آلمان) به آن کشور برود. او این دعوت را پذیرفت و به اتفاق خانواده به شهر هامبورگ رفت و در آنجا اقامت گزید. وی با سمت مدیر مرکز اسلامی هامبورگ مدت 9 سال در کشور آلمان اقامت داشت. اقامت در اروپا برای وی فرصتی پیش آورد تا با تسلط بر زبان آلمانی در فرهنگ و تمدن غرب به ویژه فلسفه جدید و الهیات مسیحی از نزدیک مطالعات و تحقیقاتی به عمل آورد. او در این مدت برای شرکت در سمینارها و کنفرانس‌های بین‌المللی فلسفی و الهیاتی و سخنرانی در آنها بارها به کشورهای مختلف اروپایی، عربی و امریکا سفر کرد و با شخصیت‌های برجسته مسیحی، یهودی، بودایی و مسلمان در نقاط مختلف جهان به گفتگو نشست و با آنان دربارۀ چالش‌های علم و فلسفه جدید با الهیات ادیان بزرگ جهان تبادل نظر کرد و فراوان از آنان آموخت.

مجتهد شبستری در سال 1357 به ایران بازگشت. در آن سال طلیعه‌های انقلاب اسلامی ایران یکی پس از دیگری آشکار می‌شد. وی که در دوران اقامت در آلمان نیز فعالیت سیاسی جهت استقرار دموکراسی در ایران را در برنامه خود قرار داده بود، پس از پیروزی انقلاب در ایران با شور و علاقه وافر وارد صحنه‌های سیاسی شد، مقالات فرهنگی سیاسی وی در مجلات و روزنامه‌های معتبر آن دوران انتشار می‌‌یافت و سخنرانیهای او هم از صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران پخش می‌شد. در سال 1358 وی به نشر یک مجله تئوریک (دو هفته یک بار) به نام اندیشه‌ اسلامی پرداخت. اما به علت بروز مشکلات مالی از این مجله 15 شماره بیشتر منتشر نشد. این مجله در عین حال که در سمت و سوی حمایت و حراست از انقلاب حرکت می‌کرد از روند اوضاع سیاسی نیز به صراحت انتقاد می‌نمود. در اولین دوره انتخابات مجلس شورای ملی پس از انقلاب وی از آذربایجان شرقی به نمایندگی مجلس شورا انتخاب شد. او در آن مجلس از جمله نمایندگان آزادی خواه بود که در عین طرفداری از انقلاب منتقد روند اوضاع سیاسی بودند و آراء و افکار خود را بدون پروا در مجلس و رسانه‌ها بیان می‌کردند. وی پس از پایان دوره اول مجلس شورای اسلامی چون با روند اوضاع سیاسی کشور موافق نبود از شرکت در دوره دوم انتخابات خودداری کرد. در همان سال‌ها وزارت علوم جمهوری اسلامی ایران از وی دعوت کرد عضویت هیأت علمی دانشگاه تهران را بپذیرد وی با استقبال از این دعوت در دانشکده الهیات و معارف اسلامی، گروه فلسفه و کلام اسلامی مشغول تدریس شد و سپس به گروه ادیان و عرفان همان دانشکده انتقال یافت. در سالهای بعد وی به رتبه دانشیاری و سپس رتبه «استاد تمام» ارتقاء یافت.

او در دانشکده الهیات، سالهای متمادی در رشته‌های کلام تطبیقی، تاریخ ادیان تطبیقی و عرفان تطبیقی (یهودیت، مسیحیت، اسلام، بودیسم و هندوئیسم) در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری تدریس کرد. راهنمائی و یا مشاوره ده‌ها رساله کارشناسی ارشد و دکتری در دروس تخصصی یاد شده را بر عهده گرفت.

مجتهد شبستری در سال 1376 کتاب «هرمنوتیک، کتاب و سنت» را منتشر کرد وی قبلاً بخشی از موضوعات این کتاب را برای دانشجویان کارشناسی ارشد دانشکده الهیات تدریس کرده بود. با نشر این اثر به زبان فارسی، چشم‌انداز جدیدی برای پژوهشگران علوم دینی و خصوصاً دانشوران حوزۀ علمیه قم گشوده شد و آنان با موضوعی بسیار مهم یعنی نسبت کتاب و سنت ــ که همیشه دو منبع اصلی علوم اسلامی بوده‌اند ــ با هرمنوتیک جدید برای اولین‌بار، آشنا شدند. در سالهای بعد کتابها و مقالات متعددی در این باب نوشته شد آراء وی نیز مورد مخالفت‌ها و موافقت‌های زیاد قرار گرفت امّا بالاخره هرمنوتیک جدید جای خود را در ادبیات دینی معاصر ایران باز کرد. وی تحقیقات و مباحث خود را برای روشن‌تر ساختن نظریاتی که مطرح کرده بود همچنان ادامه داد و در سالهای پسین کتابهای «ایمان و آزادی»، «نقدی بر قرائت رسمی از دین» و «تأملاتی در قرائت انسانی از دین» را منتشر کرد. که هر کدام از آنها به گونه‌ای به همان مسئله پرداخته‌اند. وی در بیست سال اخیر ارتباط علمی و فلسفی خود با جهان غرب را همواره حفظ کرده و در سمینارها و کنفرانس‌های بین‌المللی متعدد که به مباحث الهیات تطبیقی و یا گفتگوهای میان ادیان مرتبط است شرکت نموده و در آنها سخنرانی کرده است. مجتهد شبستری در 5 سال اخیر بنا به دعوت دانشگاه وین (اتریش) و دانشگاه بن (آلمان) نظرات خود در باب نسبت متون دینی اسلام با هرمنوتیک جدید و نسبت اسلام دموکراسی و حقوق بشر را برای دانشجویان رشته‌های اسلام‌شناسی و حقوق آن دانشگاه‌ها به صورت درس گفتارهای فشرده (Vorlesung) تدریس کرده است. از وی مقالات متعددی به زبانهای آلمانی و عربی در مجله‌های تخصصی اروپایی و عربی منتشر شده است. صاحب‌نظران متعددی مقالات او را به آلمانی و انگلیسی و عربی و ترکی ترجمه و منتشر کردند و یا بر افکار او نقد نوشته‌اند بیشتر این مقالات را می‌توان در سایت‌های اینترنتی به دست آورد.

در سال 1385 که موج بازنشسته کردن استادان دگراندیش دانشگاههای ایران راه افتاد با اینکه 19 سال بیشتر از خدمت رسمی مجتهد شبستری در دانشگاه تهران سپری نشده بود و او تنها استاد تمام گروه ادیان وعرفان دانشکدۀ الهیات دانشگاه تهران بود و گروه آموزشی نیاز مبرم به حضور او را اعلام کرده بود وی را مشمول بازنشستگی اجباری سنی کردند. پس از بازنشستگی، دو دانشگاه‌ از آلمان و اتریش جهت تدریس از وی دعوت به عمل آوردند ولی او به علت وضعیت نامساعد مزاجی آن دعوت‌ها را نپذیرفت.

در سال 1386 آخرین نظریات وی در باب هرمنوتیک متون دینی اسلامی (قرآن) به صورت یک مقالۀ مفصل با عنوان «قرائت نبوی از جهان» و یک مصاحبه با عنوان «هرمنوتیک، تفسیر دینی جهان» در شمارۀ 6 فصلنامۀ مدرسه منتشر شد که مخالفتها و موافقت‌های دامنه‌داری را برانگیخت. در این مقاله و مصاحبه برای اولین بار وی این نظر را را مطرح کرد که قرآن کریم، «کلام نبوی» پیامبر اسلام است و محصول وحی است و نه خود وحی، قرائتی است توحیدی از جهان در پرتو وحی. بحثها و چالشهای انگیخته شده پیرامون این نظریه همچنان ادامه دارد. نظرات مجتهد شبستری در باب این موضوع در مقالات «قرائت نبوی از جهان» شمارۀ 1، 2، 3، 4، 5 در سایت اینترنتی دائرة ‌المعارف بزرگ اسلامی منتشر شده و ادامۀ آنها نیز منتشر خواهد شد.

مجتهد شبستری از آغاز تأسیس دائرة‌المعارف بزرگ اسلامی عضو شورای علمی این دائرة المعارف بوده و مقالات متعددی از وی در این دائرة‌المعارف به چاپ رسیده است.